De nos jours, les grands détaillants disposent de "centres de traitement des commandes" pour gérer le volume considérable de commandes en ligne qu'ils reçoivent du monde entier. Ici, dans ces structures de type entrepôt, les produits individuels sont traqués, emballés et expédiés vers des millions de destinations aussi efficacement que possible. De minuscules structures appelées ribosomes sont en effet les centres de distribution du monde cellulaire, recevant des commandes pour d'innombrables produits protéiques de l'acide ribonucléique messager (ARNm) et obtenant rapidement et efficacement ces produits assemblés et en route vers l'endroit où ils sont nécessaires.

Les ribosomes sont généralement considérés comme des organites, bien que les puristes de la biologie moléculaire soulignent parfois qu'ils se trouvent chez les procaryotes (dont la plupart sont des bactéries) ainsi que chez les eucaryotes et n'ont pas de membrane les séparant de l'intérieur des cellules, deux traits qui pourraient être disqualifiants. . Dans tous les cas, les cellules procaryotes et les cellules eucaryotes possèdent des ribosomes, dont la structure et la fonction sont parmi les leçons les plus fascinantes de la biochimie, en raison du nombre de concepts fondamentaux que la présence et le comportement des ribosomes soulignent.
Que sont les ribosomes constitués de ?

Les ribosomes sont constitués d'environ 60% de protéines et d'environ 40% d'ARN ribosomique (ARNr). Il s'agit d'une relation intéressante étant donné qu'un type d'ARN (ARN messager ou ARNm) est requis pour la synthèse ou la traduction des protéines. Donc, d'une certaine manière, les ribosomes sont comme un dessert composé à la fois de fèves de cacao non modifiées et de chocolat raffiné.

L'ARN est l'un des deux types d'acides nucléiques trouvés dans le monde des êtres vivants, l'autre étant l'acide désoxyribonucléique ou l'ADN . L'ADN est le plus connu des deux, souvent mentionné non seulement dans les articles scientifiques traditionnels mais aussi dans les histoires de crime. Mais l'ARN est en fait la molécule la plus polyvalente.

Les acides nucléiques sont constitués de monomères ou d'unités distinctes qui fonctionnent comme des molécules autonomes. Le glycogène est un polymère de monomères de glucose, les protéines sont des polymères de monomères d'acides aminés et les nucléotides sont les monomères à partir desquels l'ADN et l'ARN sont fabriqués. Les nucléotides se composent à leur tour d'une portion de sucre à cinq cycles, d'une portion de phosphate et d'une portion de base azotée. Dans l'ADN, le sucre est le désoxyribose, tandis que dans l'ARN c'est le ribose; ceux-ci ne diffèrent que par le fait que l'ARN a un groupe -OH (hydroxyle) où l'ADN a un -H (un proton), mais les implications pour l'impressionnante gamme de fonctionnalités de l'ARN sont considérables. De plus, alors que la base azotée dans un nucléotide d'ADN et un nucléotide d'ARN est l'un des quatre types possibles, ces types dans l'ADN sont l'adénine, la cytosine, la guanine et la thymine (A, C, G, T) tandis que dans l'ARN, l'uracile est substitué "for thymine (A, C, G, U).", 3, [[Enfin, l'ADN est presque toujours double brin, tandis que l'ARN est simple brin. C'est cette différence avec l'ARN qui contribue peut-être le plus à la polyvalence de l'ARN.

Les trois principaux types d'ARN sont l'ARNm et l'ARNr susmentionnés ainsi que l'ARN de transfert (ARNt). Alors que près de la moitié de la masse des ribosomes est constituée d'ARNr, l'ARNm et l'ARNt jouissent tous deux de relations intimes et indispensables avec les deux ribosomes et entre eux.

Dans les organismes eucaryotes, les ribosomes se trouvent principalement attachés au réticulum endoplasmique, un réseau des structures membraneuses mieux comparées à un réseau routier ou ferroviaire pour les cellules. Certains ribosomes eucaryotes et tous les ribosomes procaryotes se trouvent libres dans le cytoplasme de la cellule. Les cellules individuelles peuvent avoir des milliers à des millions de ribosomes; comme vous pouvez vous y attendre, les cellules qui produisent beaucoup de produits protéiques (par exemple, les cellules pancréatiques) ont une densité plus élevée de ribosomes.
La structure des ribosomes

Chez les procaryotes, les ribosomes comprennent trois molécules d'ARNr séparées, alors que chez les eucaryotes, les ribosomes comprennent quatre molécules d'ARNr distinctes. Les ribosomes se composent d'une grande sous-unité et d'une petite sous-unité. Au début du 21e siècle, la structure tridimensionnelle complète des sous-unités a été cartographiée. Sur la base de ces preuves, l'ARNr, et non les protéines, fournit au ribosome sa forme et sa fonction de base; les biologistes l'avaient longtemps suspecté. Les protéines des ribosomes aident principalement à combler les lacunes structurelles et à améliorer le travail principal du ribosome - la synthèse des protéines. La synthèse des protéines peut se produire sans ces protéines, mais à un rythme beaucoup plus lent.

Les unités de masse des ribosomes sont leurs valeurs de Svedberg (S), qui sont basées sur la vitesse à laquelle les sous-unités se déposent au fond de tubes à essai sous la force centripète d'une centrifugeuse. Les ribosomes des cellules eucaryotes ont généralement des valeurs de Svedberg de 80S et se composent de sous-unités des années 40 et 60. (Notez que les unités S ne sont clairement pas des masses réelles; sinon, les calculs ici n'auraient aucun sens.) En revanche, les cellules procaryotes contiennent des ribosomes atteignant 70S, divisés en sous-unités 30S et 50S.

Les protéines et les acides nucléiques , chacun étant constitué d'unités monomères similaires mais non identiques, ont une structure primaire, secondaire et tertiaire. La structure principale de l'ARN est son ordre des nucléotides individuels, qui à son tour dépend de leurs bases azotées. Par exemple, les lettres AUCGGCAUGC décrivent une chaîne d'acide nucléique de dix nucléotides (appelée "polynucléotide" quand elle est aussi courte) avec les bases adénine, uracile, cytosine et guanine. La structure secondaire de l'ARN décrit comment la chaîne suppose des courbures et des plis dans un seul plan grâce aux interactions électrochimiques entre les nucléotides. Si vous posez un chapelet de perles sur une table et que la chaîne qui les relie n'était pas droite, vous regarderiez la structure secondaire des perles. Enfin, la sténose tertiaire fait référence à la façon dont la molécule entière s'organise dans l'espace tridimensionnel. En continuant avec l'exemple des perles, vous pouvez le ramasser sur la table et le compresser en forme de boule dans votre main, ou même le plier en forme de bateau.
Creuser plus profondément dans la composition ribosomale

Bien avant que les méthodes avancées de laboratoire d'aujourd'hui ne soient disponibles, les biochimistes ont pu faire des prédictions sur la structure secondaire de l'ARNr sur la base de la séquence primaire connue et des propriétés électrochimiques des bases individuelles. Par exemple, A était-il enclin à s'associer à U si un coude avantageux se formait et les rapprochait? Au début des années 2000, l'analyse cristallographique a confirmé bon nombre des idées des premiers chercheurs sur la forme de l'ARNr, aidant ainsi à mieux comprendre sa fonction. Par exemple, les études cristallographiques ont démontré que l'ARNr participe à la fois à la synthèse des protéines et offre un support structurel, tout comme le composant protéique des ribosomes. L'ARNr constitue la majeure partie de la plate-forme moléculaire sur laquelle se produit la traduction et a une activité catalytique, ce qui signifie que l'ARNr participe directement à la synthèse des protéines. Cela a conduit certains scientifiques à utiliser le terme «ribozyme» (c'est-à-dire «enzyme ribosomique») au lieu de «ribosome» pour décrire la structure.

E. coli
Les bactéries offrent un exemple de ce que les scientifiques ont pu apprendre sur la structure ribosomale des procaryotes. La grande sous-unité, ou LSU, du E. coli
ribosome se compose d'unités distinctes d'ARNr 5S et 23S et de 33 protéines, appelées protéines r pour "ribsomal". La petite sous-unité, ou SSU, comprend une partie d'ARNr 16S et 21 protéines r. En gros, le SSU représente environ les deux tiers de la taille du LSU. De plus, l'ARNr du LSU comprend sept domaines, tandis que l'ARNr du SSU peut être divisé en quatre domaines.

L'ARNr des ribosomes eucaryotes possède environ 1 000 nucléotides de plus que l'ARNr des ribosomes procaryotes - environ 5.500 contre 4.500. Alors que E. coli et ribosomes contiennent 54 protéines r entre le LSU (33) et le SSU (21), les ribosomes eucaryotes ont 80 protéines r. Le ribosome eucaryote comprend également des segments d'expansion d'ARNr, qui jouent un rôle à la fois structurel et de synthèse des protéines.
Fonction du ribosome: traduction

Le travail du ribosome consiste à faire toute la gamme de protéines dont un organisme a besoin, des enzymes aux hormones à des parties des cellules et des muscles. Ce processus est appelé traduction, et c'est la troisième partie du dogme central de la biologie moléculaire: de l'ADN à l'ARNm (transcription) en protéine (traduction).

La raison pour laquelle on appelle cela la traduction est que les ribosomes, à gauche à leurs propres appareils, n'ont aucun moyen indépendant de «savoir» quelles protéines fabriquer et quelle quantité, malgré toutes les matières premières, l'équipement et la main-d'œuvre nécessaires. De retour à l'analogie du «centre de distribution», imaginez quelques milliers de travailleurs remplissant les allées et les gares de l'un de ces énormes endroits, regardant autour de jouets et de livres et d'articles de sport mais n'obtenant aucune direction d'Internet (ou d'ailleurs) sur quoi faire. Rien ne se passerait, ou du moins rien de productif pour l'entreprise.

Ce qui est traduit, alors, ce sont les instructions encodées dans l'ARNm, qui à son tour obtient le code de l'ADN dans le noyau de la cellule (si l'organisme est un eucaryotes; les procaryotes manquent de noyaux). Dans le processus de transcription, l'ARNm est fabriqué à partir d'une matrice d'ADN, les nucléotides étant ajoutés à la chaîne d'ARNm en croissance correspondant aux nucléotides du brin d'ADN matrice au niveau de l'appariement de bases. A dans l'ADN génère U dans l'ARN, C génère G, G génère C et T génère A. Parce que ces nucléotides apparaissent dans une séquence linéaire, ils peuvent être incorporés dans des groupes de deux, trois, dix ou n'importe quel nombre. En l'occurrence, un groupe de trois nucléotides sur une molécule d'ARNm est appelé codon ou "codon triplet" à des fins de spécificité. Chaque codon porte les instructions pour l'un des 20 acides aminés, dont vous vous souviendrez que ce sont les éléments constitutifs des protéines. Par exemple, AUG, CCG et CGA sont tous des codons et portent les instructions pour fabriquer un acide aminé spécifique. Il existe 64 codons différents (4 bases élevées à la puissance de 3 \u003d 64) mais seulement 20 acides aminés; en conséquence, la plupart des acides aminés sont codés par plus d'un triplet, et deux acides aminés sont spécifiés par six codons triplets différents.

La synthèse des protéines nécessite encore un autre type d'ARN, l'ARNt. Ce type d'ARN apporte physiquement les acides aminés au ribosome. Un ribosome a trois sites de liaison d'ARNt adjacents, comme des espaces de stationnement personnalisés. L'un est le site de liaison aminoacyle
, qui est pour la molécule d'ARNt attachée au prochain acide aminé dans la protéine, c'est-à-dire l'acide aminé entrant. Le second est le site de liaison peptidyle
, où la molécule centrale d'ARNt contenant la chaîne peptidique en croissance se fixe. Le troisième et dernier est un site de liaison de sortie
, où les molécules d'ARNt maintenant vides sont déchargées du ribosome.

Une fois les acides aminés polymérisés et un squelette protéique formé, le ribosome libère la protéine, qui est ensuite transportée en procaryotes vers le cytoplasme et en eucaryotes vers les corps de Golgi. Les protéines sont ensuite complètement traitées et libérées, à l'intérieur ou à l'extérieur de la cellule, car tous les ribosomes produisent des protéines pour une utilisation locale et lointaine. Les ribosomes sont très efficaces; un seul dans une cellule eucaryote peut ajouter chaque seconde deux acides aminés à une chaîne protéique en croissance. Chez les procaryotes, les ribosomes fonctionnent à un rythme presque effréné, ajoutant 20 acides aminés à un polypeptide chaque seconde.

Une note d'évolution: chez les eucaryotes, les ribosomes, en plus d'être situés aux endroits susmentionnés, peuvent également être trouvés dans les mitochondries chez les animaux et les chloroplastes des plantes. Ces ribosomes sont très différents en taille et en composition des autres ribosomes trouvés dans ces cellules, et écoutent les ribosomes procaryotes des cellules d'algues bactériennes et bleu-vert. Ceci est considéré comme une preuve assez forte que les mitochondries et les chloroplastes ont évolué à partir de procaryotes ancestraux.