L'un des moyens classiques de déterminer la concentration de microbes dans un échantillon consiste à diluer l'échantillon, à faire croître les microbes sur des plaques et à compter les colonies. Les microbes plaqués se développent à partir d'une unité formant colonie composée d'une ou plusieurs cellules dans une colonie visible qui peut être vue et comptée. Les bactéries sont le microbe le plus commun à évaluer à l'aide du nombre de plaques. Le comptage des colonies est utilisé pour détecter et compter les microbes dans le sol, l'eau et les aliments. Les protocoles de comptage des colonies mettent l'accent sur une approche précise et méthodique.
Dilution des échantillons, placage et incubation

Si vous étalez simplement un échantillon de microbe sur une plaque de gélose, vous verrez tellement d'unités formant des colonies que le les colonies individuelles se mélangeront, ce qui rendra leur dénombrement impossible. Pour résoudre ce problème, mélangez l'échantillon dans un milieu liquide, prenez une petite quantité de ce mélange et diluez-le davantage. Répétez ce processus six à 10 fois. Étalez la dilution finale sur une plaque de gélose et incubez-la pendant quatre à sept jours avant de compter les colonies.
Comptage manuel

La principale astuce pour compter les colonies est de compter chaque point de colonie une fois. Une approche consiste à placer la boîte de Pétri sur un fond de grille et à compter les colonies dans chaque cellule de la grille, en se déplaçant de manière méthodique à travers toutes les cellules. Le marquage des colonies comptées sur le dos de la boîte de Pétri peut également être une approche utile. En règle générale, vous devrez compter au moins trois assiettes; utiliser uniquement des plaques contenant 30 à 300 colonies pour faire des inférences robustes, suggère le Microbiology Network, une entreprise qui fournit des services de conseil aux laboratoires et aux fabricants. Les plaques avec des colonies trop nombreuses pour être comptées ou avec trop peu de colonies doivent être re-plaquées à partir d'une nouvelle dilution.
Comptage automatisé

L'erreur humaine augmente le temps nécessaire au comptage manuel des colonies. Pour améliorer à la fois la précision et l'efficacité, placez la boîte de Pétri dans un dispositif automatisé de comptage des colonies. Les compteurs de colonies automatisés prennent une image de la boîte, séparent les colonies de l'arrière-plan, puis utilisent un algorithme pour compter les colonies sur la plaque. Les algorithmes peuvent avoir des difficultés à différencier les colonies lorsque deux colonies ou plus se touchent les bords, c'est donc un domaine de développement logiciel continu.
Rendre le comptage plus compliqué

La précision du calcul de la densité microbienne à partir du nombre de colonies a quelques limitations. Les unités formant colonie peuvent être une seule cellule, une chaîne de cellules ou un ensemble entier de cellules. L'hypothèse est qu'une colonie représente une cellule, les concentrations calculées à partir du nombre de colonies peuvent donc être faibles. Différents microbes ont besoin de conditions de croissance différentes, et les colonies sur la plaque ne représentent que les microbes qui prospèrent sur ce milieu de croissance dans ces conditions d'incubation. De plus, le comptage des colonies n'enregistre pas les cellules mortes, une considération importante lorsque vous avez besoin de la concentration de cellules dans l'échantillon d'origine.