Les scientifiques peuvent décomposer, ou séquencer, l'ADN en ses nucléotides constitutifs qui peuvent, par exemple, dire à une personne si elle a une maladie génétique. Les méthodes courantes d'extraction d'ADN impliquent l'utilisation d'isopropanol ou d'éthanol dans une étape du procédé. Cependant, les cellules contiennent beaucoup d'autres molécules comme les protéines et les lipides, et les scientifiques veulent naturellement obtenir une solution d'ADN aussi pure que possible.
Les méthodes d'extraction de l'ADN impliquent généralement plusieurs étapes: , les lipides membranaires doivent être éliminés et l'ADN doit être séparé des protéines, de l'ARN et d'autres contaminants. Deux protocoles typiques sont la lyse alcaline pour l'extraction de l'ADN plasmidique bactérien et l'extraction phénol-chloroforme. Dans les deux méthodes, l'éthanol ou l'isopropanol, la précipitation des acides nucléiques est l'une des dernières étapes. Une fois que l'ADN ou l'ARN a été précipité (tombé de la solution), il peut être remis en suspension dans l'eau.
L'éthanol est un bon solvant
L'éthanol et l'isopropanol se mélangent bien l'eau, mais ils ont des constantes diélectriques plus faibles que l'eau, ce qui signifie que leur capacité à protéger les charges positives et négatives dans la solution et à les maintenir séparées est beaucoup plus faible. La constante diélectrique pour l'eau, par exemple, est de 78,5, tandis que la constante pour l'éthanol est de 24,3. L'ADN est chargé négativement, donc il est attiré par les ions positifs dans la solution comme le potassium ou le sodium. L'éthanol a une plus faible capacité que l'eau à garder les ions chargés positivement et l'ADN à part.
L'éthanol augmente la concentration d'ADN
L'éthanol rend également l'ADN moins soluble pour une autre raison. Puisque les molécules d'éthanol peuvent former des interactions appelées liaisons hydrogène avec des molécules d'eau, elles diminuent le nombre de molécules d'eau disponibles pour hydrater l'ADN. Entre cet effet et la constante diélectrique inférieure, l'éthanol provoque essentiellement l'agrégation de l'ADN avec des ions positifs dans la solution, formant un solide ou un précipité au fond du tube. Précipiter l'ADN permet de le rendre plus concentré car les autres contaminants dans la solution ne sont pas précipités en même temps.
Facteurs supplémentaires dans le procédé
Le lavage à l'éthanol sert également à éliminer les bas poids moléculaires les contaminants comme les sels et les détergents. Le sel choisi peut varier selon qu'il est nécessaire de précipiter le détergent de dodécylsulfate de sodium (SDS) à partir d'une étape antérieure; le dodécylsulfate de potassium, par exemple, est insoluble et précipitera, de sorte que l'utilisation d'acétate de potassium dans une lyse alcaline peut éliminer le SDS avant d'ajouter l'éthanol /isopropanol. L'éthanol peut également être utilisé pour précipiter l'ARN pour les mêmes raisons, bien que la précipitation de l'ARN nécessite généralement plus d'éthanol.
