En utilisant une analyse eDNA à grande échelle combinée à des méthodes d'enquête de collecte traditionnelles, Des chercheurs japonais ont identifié le site de reproduction des espèces de poissons en danger critique d'extinction Acheilognathus typus dans le cours principal de la rivière Omono dans la préfecture d'Akita, Japon. Les résultats ont été publiés le 14 novembre dans l'édition en ligne de La science de la nature – Naturwissenschaften .

L'étude des organismes aquatiques est un processus long et laborieux, et couvrir une vaste zone entraîne également des coûts élevés. L'analyse de l'ADN environnemental (eDNA) apporte une solution à ces problèmes. Dans les environnements sous-marins tels que les lacs, réservoirs et rivières, nous pouvons trouver des fragments d'ADN dérivant dans l'eau à partir de matières fécales, peau ou toute autre source d'organismes aquatiques. L'analyse de l'eDNA est particulièrement efficace pour les espèces rares telles que A. typus, qui est difficile à trouver par les méthodes d'enquête traditionnelles en raison de sa faible densité de population. Dans cette étude, l'équipe de recherche a effectué une vaste étude ADN électronique suivie d'une étude de collecte traditionnelle pour trouver le nouvel habitat de reproduction d'A. typus dans la rivière Omono, préfecture d'Akita, Japon.

Pendant trois jours en août 2016, l'équipe a collecté des échantillons d'eau de surface à partir de 99 emplacements, couvrant 112 km de la rivière Omono, et extrait l'ADNe des échantillons. Ils ont mesuré l'ADN à l'aide d'un système de détection spécifique pour A. typus. Après ça, ils ont placé des filets fixes et des pièges à bouteilles aux endroits où l'eDNA avait été détecté et ont confirmé la présence de poissons adultes. L'équipe a également utilisé des bivalves (où A. typus pondait des œufs) pour confirmer qu'ils se reproduisaient.

Dans les 99 localités de la rivière Omono étudiées, A. typus eDNA a été trouvé à 2 endroits, et dans l'un de ces endroits, l'équipe a capturé un spécimen mâle et une femelle. Des œufs ont été trouvés dans le bivalve au même endroit, ils ont donc réussi à l'identifier comme le site de reproduction d'A. typus.

Ces résultats démontrent qu'en termes de coût et de fiabilité, une combinaison d'analyse eDNA et de méthodes de collecte traditionnelles est très efficace pour identifier les habitats et les zones de reproduction des espèces rares. Les méthodes se complètent :la méthode eDNA est adaptée aux relevés de vastes zones, tandis que la collecte d'échantillons est très fiable pour confirmer les espèces. Cette combinaison de méthodes pourrait aider à conserver cette espèce en trouvant plus de zones de reproduction et en établissant des zones de conservation. Il pourrait également être utilisé pour d'autres espèces rares et menacées à faible densité de population réparties sur une vaste zone.