Le Western blot, une technique analytique utilisée pour localiser une protéine spécifique dans un échantillon donné, utilise la capacité d'une enzyme ou d'un anticorps primaire marqué par fluorescence à se lier à son antigène spécifique. Il s'agit d'un processus en trois étapes commençant par l'électrophorèse sur gel, suivie d'un transfert membranaire et d'un sondage avec des anticorps. La détection des protéines peut être directe ou indirecte, cette dernière utilisant un anticorps secondaire marqué dirigé contre le primaire. Bien qu'il soit accepté comme une technique d'analyse de protéines de routine, Western blot a des limites ainsi que des avantages.

Avantage: Sensibilité

Un des plus grands arguments en faveur de Western blot est sa sensibilité. En raison de sa capacité à détecter aussi peu que 0,1 nanogramme de protéine dans un échantillon, la technique peut théoriquement servir d'outil de diagnostic précoce efficace, détectant même la plus petite réponse immunogène d'un virus ou d'une bactérie dans un échantillon de patient. Un transfert Western indirect renforce encore cette sensibilité à partir de la capacité de l'anticorps secondaire à amplifier l'intensité du signal détecté par le système d'imagerie. Une plus grande sensibilité signifie que moins d'anticorps sont nécessaires pour les tests, ce qui réduit les coûts de laboratoire de manière significative.

Avantage: Spécificité

La technique de Western blot doit sa spécificité à deux facteurs importants. Premièrement, l'électrophorèse sur gel trie un échantillon en protéines de différentes tailles, charges et conformations. Ce processus est en lui-même un énorme pas vers la détection, car les bandes formées dans le gel donnent déjà des indices sur la taille de la protéine ou du polypeptide d'intérêt. La spécificité de l'interaction anticorps-antigène sert de second facteur important. Parce que les anticorps spécifiques montrent une affinité pour des protéines spécifiques, le processus peut détecter sélectivement une protéine cible même dans un mélange de 300 000 protéines différentes.

Inconvénient: prédisposé à des résultats faux ou subjectifs

Malgré ses sensibilité et spécificité, un western blot peut encore produire des résultats erronés. Un résultat faussement positif lorsqu'un anticorps réagit avec une protéine non prévue, ce qui arrive fréquemment lorsqu'un patient soumis à un test de dépistage du VIH est atteint de tuberculose ou d'un certain nombre d'infections parasitaires. D'un autre côté, un faux négatif peut facilement se produire si les protéines plus grosses ne reçoivent pas suffisamment de temps pour se transférer correctement sur la membrane. Un mauvais épongeage et un mauvais traitement produisent souvent des bandes asymétriques, fanées ou même multiples, rendant les résultats des tests soumis à l'interprétation du technicien.

Inconvénient: coût élevé et demande technique

Le coût d'un western blot est un composite des dépenses individuelles importantes pour les anticorps marqués, les analystes qualifiés et l'équipement de laboratoire. Un processus délicat, western blotting nécessite une précision à chaque étape pour l'identification correcte des constituants d'un échantillon. Une erreur mineure dans la concentration du réactif ou dans la période d'incubation peut être désastreuse pour l'ensemble du processus. Enfin, l'équipement requis pour la détection et l'imagerie - systèmes de détection chimioluminescents, fluorescents, radioactifs ou laser - peut être trop coûteux pour l'unité de microbiologie moyenne.