Lancé en 1973, il faisait partie de la série de vaisseaux spatiaux (IMP) de la plate-forme de surveillance interplanétaire conçue pour étudier le milieu interplanétaire. Tout en étudiant la magnétosphère terrestre, il a détecté une ceinture de rayonnement auparavant inconnue piégée dans une région beaucoup plus loin que les ceintures Van Allen.
Alors que d'autres vaisseaux spatiaux avaient fourni des indices de l'existence de cette ceinture extérieure, les mesures de l'Explorer 49 ont confirmé sa présence et ont fourni des informations détaillées sur ses propriétés.