De nombreux organites sont trop petits pour être observés avec un microscope optique et nécessitent un microscope électronique pour la visualisation. Voici quelques exemples:

* ribosomes: Ce sont les usines de synthèse des protéines de la cellule, et elles sont incroyablement petites.

* réticulum endoplasmique (ER): Ce réseau de membranes est impliqué dans le repliement des protéines et la synthèse des lipides. Il a une structure complexe difficile à résoudre avec un microscope optique.

* Appareil Golgi: Cet organelle traite et comporte des protéines et des lipides pour le transport. Sa structure complexe n'est visible qu'avec la microscopie électronique.

* mitochondrie: Ce sont les puissances de la cellule, générant de l'énergie par la respiration cellulaire. Bien que vous puissiez parfois voir les mitochondries avec un microscope optique très puissant, leur structure interne n'est visible qu'avec un microscope électronique.

* lysosomes: Ces organites sont responsables de la rupture des déchets cellulaires et des débris. Leur structure est trop petite pour être clairement visible avec un microscope optique.

* peroxisomes: Ces organites sont impliqués dans divers processus métaboliques, y compris la détoxification. Leur petite taille et leur structure nécessitent une microscopie électronique.

Essentiellement, tout organite qui est plus petit que la limite de résolution d'un microscope optique (environ 200 nanomètres) nécessite un microscope électronique pour la visualisation.