On pense que H. floresiensis a évolué à partir d’un premier hominidé arrivé à Flores il y a environ 840 000 ans. On pense que ces premiers hominidés se sont échoués sur l’île et, au fil du temps, ont évolué vers une forme plus petite et plus compacte. On pense que cette réduction de taille est le résultat du nanisme insulaire, un phénomène qui se produit lorsque les animaux vivant sur les îles deviennent plus petits que leurs parents du continent.
On pense que le nanisme insulaire se produit pour un certain nombre de raisons, notamment des ressources limitées, la concurrence d'autres espèces et le manque de prédateurs. Dans le cas de H. floresiensis, on pense que les ressources limitées de l'île et la concurrence d'autres animaux, tels que les rats géants et les dragons de Komodo, pourraient être les principaux facteurs ayant conduit à sa petite taille.
H. floresiensis est l’une des espèces d’hominidés les plus intéressantes et énigmatiques jamais découvertes. Sa petite taille, ses caractéristiques uniques et le fait qu’il ait vécu jusqu’à une période relativement récente en font une partie importante de l’histoire de l’évolution humaine.