Dans le Journal of Proteome Research , les chercheurs détaillent une méthode permettant une identification plus précise des extrémophiles basée sur des fragments de protéines plutôt que sur du matériel génétique. L'étude a identifié deux nouvelles bactéries résistantes provenant de lacs de haute altitude au Chili, un environnement comme le début de Mars.

Même si les humains ont tendance à éviter de s’installer dans des zones extrêmement chaudes, froides ou à haute altitude, certains micro-organismes se sont adaptés pour vivre dans des endroits aussi difficiles. Ces microbes extrémophiles intéressent les astrobiologistes qui recherchent la vie sur d'autres planètes.

Les chercheurs utilisent actuellement le séquençage de gènes individuels pour identifier les microbes terrestres en fonction de leur ADN. Cependant, les méthodes actuelles ne permettent pas de distinguer les espèces d’extrémophiles étroitement apparentées. Ainsi, Ralf Moeller et ses collègues ont étudié s'ils pouvaient identifier un extrémophile en utilisant sa signature protéique plutôt qu'une séquence génétique.

Les chercheurs ont commencé leur démonstration avec des échantillons d’eau provenant de cinq lacs andins de haute altitude à plus de 2,3 milles au-dessus du niveau de la mer dans l’Altiplano chilien. (Pour référence, Denver se trouve à environ 1,6 km au-dessus du niveau de la mer.) À partir des échantillons, les chercheurs ont cultivé 66 microbes, puis ont déterminé laquelle des deux méthodes identifiait le mieux les micro-organismes :

• Le séquençage génétique traditionnel comparait les nucléotides du gène de l'ARNr 16s (un gène typique pour l'analyse microbienne basée sur la séquence) de chaque échantillon à une base de données à des fins d'identification.
• La nouvelle technique de « protéotypage » a analysé des fragments de protéines appelés peptides pour produire des signatures peptidiques, que l'équipe a utilisées pour identifier des micro-organismes à partir de bases de données de protéomes.

Grâce à ces méthodes, les chercheurs ont identifié 63 des 66 micro-organismes cultivés à partir des échantillons de lacs de haute altitude. Pour les trois micro-organismes que le séquençage génétique n'a pas réussi à identifier parce que leurs informations génétiques ne figuraient pas dans la base de données disponible, le protéotypage a identifié deux types potentiellement nouveaux de bactéries extrémophiles.

Ces résultats suggèrent que le protéotypage pourrait constituer une solution plus complète pour identifier les micro-organismes extrémophiles à partir de petits échantillons biologiques. L'équipe affirme que le profilage des protéines pourrait un jour nous aider à rechercher et à identifier la vie extraterrestre et à mieux explorer la biodiversité sur notre propre planète.