(Phys.org) - Royaume-Uni basée à Oxford Nanopore Technologies a tenu sa promesse faite il y a deux ans de produire un séquenceur de génome peu coûteux basé sur la technologie des nanopores. David Jaffe, avec le Broad Institute a signalé à un auditoire lors de la réunion sur les progrès de la biologie et de la technologie du génome en Floride la semaine dernière qu'Oxford Nanopore lui avait demandé d'essayer le nouveau dispositif, appelé le MinION, et l'a trouvé prometteur.

Oxford Nanopore Technologies a fait sensation dans le monde des sciences biologiques en 2012 lorsque des représentants de l'entreprise ont annoncé que son équipe de recherche avait réussi à créer un dispositif de séquençage basé sur la technologie des nanopores et qu'un prototype peu coûteux serait livré peu de temps après à des chercheurs extérieurs à l'entreprise. L'entreprise a apparemment rencontré des difficultés pour accélérer sa technologie des pores et a dû trouver des matériaux alternatifs, d'où le retard de deux ans.

Le séquençage des nanopores est l'endroit où des brins simples d'ADN sont tirés à travers un pore - à mesure que chaque paire de bases traverse le pore, sa conductivité est mesurée - des informations qui peuvent être utilisées pour l'identification par un ordinateur. L'avantage de cette approche est qu'au moins en principe, toute longueur de brin peut être séquencée.

Le MinION n'est pas encore à vendre - en ce moment, la société met des prototypes à la disposition de quelques notables sélectionnés dans le domaine du séquençage du génome - chacun devra débourser 1000 $ comme acompte pour l'honneur. L'appareil se branche sur un port d'un ordinateur, qui fait le traitement. Avec l'appareil, qui a été comparé à la taille d'un paquet de gomme, Oxford Nanopore Technologies enverra des échantillons d'ADN que les chercheurs pourront utiliser pour apprendre à utiliser le nouvel appareil. ils peuvent séquencer tout ce qu'ils veulent. En testant des brins de deux types d'ADN bactérien qui lui ont été envoyés, Jaffe rapporte des résultats mitigés :de longues périodes de données ont été obtenues correctement dans certains cas, mais dans d'autres, il y avait des erreurs. Afin d'assembler le génome entier d'un type de bactérie, par exemple, il devait également utiliser un appareil de séquençage fabriqué par une autre société. Il a noté qu'il est optimiste quant à l'appareil, cependant, car les représentants d'Oxford Nanopore lui ont assuré que les taux d'erreur peuvent être réduits à l'aide de certaines techniques, même si des améliorations de l'appareil sont en cours d'élaboration au laboratoire.

Si les taux d'erreur utilisant le MinION peuvent être réduits à un niveau pratique, l'appareil pourrait marquer un tournant dans le séquençage des gemones car ce serait un appareil qui pourrait être transporté et utilisé pour le travail sur le terrain. Et bien que le coût d'un tel appareil n'ait pas été annoncé, Oxford Nanopore a utilisé à plusieurs reprises des termes tels que peu coûteux et abordable pour le décrire, indiquant qu'il coûtera beaucoup moins cher que les autres dispositifs de séquençage actuellement sur le marqueur, une fois qu'il est prêt à être vendu.

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