Les Philippines sont un pays riche en biodiversité et en endémisme, avec de nombreuses ressources naturelles qui contribuent à l'économie et aux communautés locales. Ses rives et les habitats côtiers sont d'une importance particulière, la pêche, l'agriculture et l'industrie étant toutes tributaires des voies navigables et de l'environnement marin du pays. Les menaces à la perte d'habitat et de biodiversité proviennent de diverses pratiques, y compris le défrichage, la pêche non durable et la pollution.

Perte de couverture forestière

Entre 2000 et 2005, les Philippines ont perdu un peu plus de deux pour cent de couvert forestier par an. C'était le deuxième taux le plus élevé en Asie du Sud-Est. En 2005, on pensait qu'il ne restait que trois pour cent de la forêt primaire. La déforestation rapide entraîne diverses menaces pour l'écosystème, notamment la perte de biodiversité, l'érosion des sols, les inondations, les glissements de terrain et la réduction de la qualité de l'eau. Les forêts sont menacées par l'exploitation minière commerciale et l'exploitation forestière.

Dégradation des récifs coralliens

Les Philippines sont un centre mondial de biodiversité marine riveraine. La collecte et l'exportation illégales de coraux et de poissons de récifs vivants ont eu des effets néfastes importants sur la biodiversité, l'état des récifs coralliens, la couverture herbacée et le nombre de poissons. Seulement 5% des récifs conservent plus de 75% de la couverture corallienne vivante. Les pratiques de pêche destructrices comprennent la surpêche, la pêche au chalut, la pêche à la dynamite et la pêche au cyanure, où le cyanure est dissous dans l'eau et jeté dans les récifs, tandis que d'autres menaces viennent de la pollution et de l'érosion. Les menaces pesant sur les mangroves comprennent la surpêche, la pollution et le défrichement pour l'agriculture et les établissements humains. L'élevage de crevettes entraîne des dommages presque irréversibles et économiquement coûteux dans la région, ce qui est d'autant plus préoccupant que les élevages de crevettes ne sont plus rentables après seulement trois ou cinq ans. La destruction des mangroves est également liée à la dégradation des récifs coralliens, car les récifs protègent les mangroves contre les fortes vagues et les courants qui emportent les sédiments fins sur lesquels poussent les mangroves.

Perte de biodiversité

Les Philippines sont considérées un pays mégabiodiverse. Il a beaucoup de flore et de faune uniques; en fait, près de la moitié de ses vertébrés terrestres et jusqu'à 60% de ses plantes vasculaires sont uniques au pays. Le taux de perte de biodiversité est reflété dans certaines conclusions choquantes. En 2006, un peu plus de 20% des espèces de vertébrés étaient classées comme menacées par l'Union internationale pour la conservation de la nature. Environ 127 espèces d'oiseaux sont considérées comme menacées et le cacatoès philippin indigène, autrefois répandu, est maintenant en danger critique.