La substantia nigra est située dans le cerveau moyen , qui est une partie petite mais importante du cerveau qui relie le cerveau antérieur et le cerveau postérieur.

Plus précisément, il se trouve dans le tegmentum , une région du mésencéphale qui se trouve juste en dessous du tectum. La substantia nigra est une structure sombre et pigmentée (d'où le nom "substance noire") qui joue un rôle vital dans Contrôle du mouvement et récompense .