La rivière San Joaquin provient des montagnes de la Sierra Nevada et coule vers l'ouest à travers la vallée centrale de Californie. Il se jette dans la rivière Sacramento près de la ville de Stockton, puis coule à travers le delta de la rivière Sacramento-San Joaquin avant d'atteindre la baie de San Francisco.
Alors que l'eau de la rivière San Joaquin atteint finalement la baie de San Francisco, la rivière elle-même ne circule pas directement à travers la ville de San Francisco.
