Les atomes eux-mêmes n'ont pas de couleur. La couleur est une perception de la lumière et les atomes sont trop petits pour être vus à l'œil nu.

Cependant, lorsque vous voyez une représentation d'un atome de phosphore, il est généralement représenté comme une couleur violette claire . Il s'agit d'une convention utilisée pour distinguer le phosphore des autres éléments des diagrammes et des modèles.