Les pompes à ions hydrogène utilisent l’ATP pour transporter les ions hydrogène à travers une membrane, créant ainsi un gradient de protons qui pilote les processus cellulaires. Ces pompes contiennent un canal protéique qui facilite le mouvement des ions hydrogène. Le canal est formé de plusieurs résidus d’acides aminés qui tapissent l’intérieur de la protéine et créent un environnement hydrophile pour le passage des ions hydrogène. Ces résidus possèdent des groupes fonctionnels qui peuvent interagir avec les ions hydrogène, leur permettant ainsi d'être transportés à travers la membrane. La structure du canal assure le transport spécifique et efficace des ions hydrogène, permettant à la pompe de maintenir le gradient de protons et de soutenir les fonctions cellulaires.