Résumé :

La pandémie actuelle de COVID-19 causée par le virus SARS-CoV-2 a créé un besoin urgent d’interventions thérapeutiques efficaces. La pradimicine A, un produit naturel isolé de Streptomyces, a montré une activité antivirale prometteuse contre divers virus enveloppés, dont le SRAS-CoV-2, en ciblant le N-glycane viral. Cependant, les détails moléculaires de la façon dont la pradimicine A interagit avec le N-glycane et inhibe l’entrée virale restent flous. Nous avons effectué des expériences d'amarrage moléculaire, de dynamique moléculaire et de résonance plasmonique de surface (SPR) pour étudier la base moléculaire de la liaison de la pradimicine A au N-glycane du SRAS-CoV-2. Nos résultats suggèrent que la pradimicine A forme des complexes stables avec le N-glycane par liaison hydrogène, interactions électrostatiques et contacts hydrophobes. En particulier, les fragments 2,6-diaminoglucose et 3,4,6-trihydroxyphényle de la pradimicine A jouent un rôle crucial dans la liaison au N-glycane. De plus, les expériences SPR ont confirmé l’interaction directe entre la pradimicine A et le N-glycane. Dans l’ensemble, notre étude fournit un aperçu des mécanismes moléculaires sous-jacents à l’activité antivirale de la pradimicine A et met en évidence son potentiel en tant que composé principal pour le développement de nouveaux inhibiteurs d’entrée du SRAS-CoV-2.