Toute la vie sur la planète est composée de quatre produits chimiques de base; glucides, lipides, protéines et acides nucléiques. Au cœur, ces quatre molécules contiennent du carbone et de l'hydrogène et font partie d'une branche de la science appelée biochimie qui mélange la biologie et la chimie organique. Bien que les quatre catégories aient certaines similitudes, l'inclusion de différents groupes d'atomes, appelés groupes fonctionnels, change complètement la fonction du produit chimique. Alors que bon nombre de ces groupes fonctionnels n'ont aucun effet sur le pH, certains de ces groupes fonctionnels peuvent modifier le pH des fluides dans un organisme. Le maintien d'un pH est vital pour le bien-être d'un organisme, il est donc important de savoir comment ces groupes fonctionnels interagissent.
Définition des acides et des bases

Les acides et les bases sont des parties opposées d'une échelle mobile appelée pH. L'échelle de pH mesure la quantité d'ions hydrogène positifs, désormais H +, qui sont dans une solution par rapport à la quantité d'ions hydroxyde, étiquetés OH-. Le point médian de l'échelle est pH7 et à pH7, la quantité d'ions H + et d'ions OH- est en équilibre complet. L'échelle de pH globale va de zéro à quatorze. Tout ce qui ajoute des ions H + à la solution est appelé acide et il fait baisser le pH. Par conséquent, tout pH de 0 à 6,9 est considéré comme acide. Tout ce qui donne de l'OH- à la solution ou lie les ions H + est considéré comme une base et élève le pH, ce qui rend le pH de 7,1 à 14 basique. Plus le passage du pH à 7 est éloigné, plus une substance peut être nocive dans les deux sens. L'acide gastrique a un pH de 2, qui est un acide extrêmement fort et la lessive est une base extrêmement forte pour référence.
Groupes fonctionnels non acides

La plupart des groupes fonctionnels ont peu ou pas d'effet sur l'acidité de la molécule . La cétone n'a pas d'hydrogène à donner à la solution ou d'endroits pour accepter l'hydrogène. L'hydroxyle, qui est simplement un OH attaché à la molécule, pourrait théoriquement perdre son hydrogène, le rendant acide, mais ce n'est pas ainsi que la molécule interagit normalement. Un aldéhyde a un hydrogène à perdre, mais il est connecté à une molécule de carbone et le carbone n'aime jamais laisser tomber ses hydrogènes. Enfin, le sulfhydryle, qui est un SH attaché, aime plus souvent trouver d'autres sulfhydryles avec lesquels se lier plutôt que de donner de l'hydrogène à la solution. Par conséquent, aucun de ces groupes n'est généralement associé à un niveau d'acidité.
Carboxyle

Le groupe fonctionnel carboxyle est souvent appelé groupe acide car il est très acide. L'oxygène a une électronégativité très élevée, ce qui signifie qu'il aime accumuler des électrons. Avec l'OH à l'extrémité du carboxy, l'oxygène à double liaison offre généralement une assistance pour thésauriser les électrons et l'hydrogène qui y est attaché tombe simplement en solution, abaissant le pH. Les groupes carboxyles se trouvent dans les acides gras, qui forment des graisses, des huiles et des cires lorsqu'ils sont combinés avec d'autres molécules. Les carboxyles font également partie des acides aminés qui sont les éléments constitutifs des protéines.
Phosphate

Le groupe phosphate peut donner jusqu'à deux hydrogènes par molécule, ce qui le rend également très acide. Comme indiqué précédemment, l'oxygène a une électronégativité élevée et un coup d'œil à une molécule de phosphate montre qu'il y a quatre oxygènes autour de la molécule de phosphate. Ces quatre oxygènes vont essayer de tirer les électrons qui sont partagés avec les deux liaisons OH et les deux hydrogènes perdent et tombent généralement en solution sous forme d'ions H +, abaissant le pH.
Amino

Le l'autre moitié des acides aminés sont les groupes amino. L'azote fonctionne souvent comme un accepteur d'hydrogène dans les systèmes biologiques. Dans son état normal, le groupe amino existe sous forme d'azote et de deux hydrogènes, comme indiqué ici, mais il peut accepter un autre hydrogène en solution qui fait augmenter le pH du système, le rendant plus basique. Étant donné que l'épine dorsale de tous les acides aminés est un carboxyle, un carbone avec un groupe fonctionnel différent et un groupe amino, ce qui se produit généralement est que le carboxyle donne son hydrogène à la solution mais le groupe amino accepte un hydrogène à partir d'une solution, ce qui maintient le pH global la même chose.