Les déserts contiennent une variété de champignons. Certaines colonies de champignons du désert peuvent vivre des millions d'années en prolongeant le processus de développement. D'autres créent des relations symbiotiques avec d'autres organismes pour assurer leur survie. Les champignons du désert peuvent rester dormants dans le sol du désert jusqu'à ce qu'ils soient dérangés, puis attaquer avec des spores toxiques qui causent de graves maladies. Certains types de champignons du désert peuvent peindre des toiles du désert avec des taches de couleurs vives.
Lichens

Les lichens, appelés "plantes pionnières", sont de minuscules organismes qui peuvent supporter des environnements et des sécheresses difficiles, chauds et froids. Le corps d'un lichen, ou thalle, est composé d'algues et de champignons qui se développent ensemble dans une relation symbiotique. Les cellules d'algues fournissent des nutriments au champignon et le champignon protège les algues des conditions atmosphériques.

Les lichens peuvent se développer sur des surfaces inhabituelles telles que le sable, les roches, le sol, les os d'animaux et le métal rouillé. Les lichens poussent dans une gamme de couleurs telles que des nuances de rouge, orange, jaune, vert et brun. Plus d'une douzaine d'espèces de champignons peuvent se développer sur un rocher.

Environ 15 000 espèces de lichens sont connues. Certains lichens comme les lichens crustacés (un champignon semblable à une croûte) peuvent vivre pendant des centaines ou des milliers d'années en raison d'un taux de croissance lent. Les lichens crustacés peuvent se développer sur les rochers. Certains lichens sont menacés car l'air et l'eau de pluie contaminés peuvent détruire les cellules d'algues, tuant le partenaire fongique.
Mycorhizes

Les mycorhizes sont des systèmes végétaux fongiques qui développent une relation symbiotique avec les racines des plantes. Les racines fournissent les nutriments nécessaires et un site où les champignons peuvent attacher leurs fils. Les champignons protègent la plante contre les agressions telles que les agents pathogènes, et leurs fils fonctionnent comme un système racinaire pour aider la plante à recevoir de l'eau et des nutriments supplémentaires. Une fois la relation établie, une plante peut dépendre des mycorhizes lorsque ses nutriments sont arrêtés.

Les mycorhizes sont divisées en deux types - les ectomycorhizes et les endomycorhizes. Les ectomycorhizes produisent un revêtement autour des racines d'une plante. Le revêtement pousse des hyphes (constituants filiformes du corps du champignon) dans les racines, puis dans le sol. Les fils des endomycorhizes poussent dans les cellules puis dans le sol. Le champignon améliore la résistance à la sécheresse, l'immunité aux maladies et l'absorption de nutriments pour la plante hôte.
Champignons

Podaxis, ou crinière hirsute du désert, se trouve dans le désert de Sonora et d'autres déserts du monde entier. Podaxis est apparenté à la famille des champignons Agaricaceae. Le champignon ressemble à une balle gonflée; il est ligneux et fibreux. La fructification du Podaxis jaillit des sols désertiques, des sols sablonneux et des bords de route après les saisons des pluies. Cependant, si la pluie ne vient pas, le fruit ne sortira pas. Le pileus (cap) reste fermé pendant le processus de développement pour protéger les tissus fertiles, les branchies et les spores à double paroi du dessèchement.
Coccidioides

Le genre Coccidioides est un champignon du sol comprenant deux espèces - Coccidioides immitis et Coccidioides posadasii. Les deux espèces se trouvent dans les sols désertiques d'Amérique du Nord et du Sud. Chaque espèce crée des hyphes et des spores dans le sol. Lorsque le sol contenant les spores est perturbé par l'homme ou par des agressions naturelles telles que les tempêtes de poussière, les spores deviennent aéroportées. L'inhalation de spores peut provoquer une infection fongique non contagieuse appelée coccidiodomycose ou fièvre de la vallée. Dans de rares cas, l'inhalation d'une myriade de spores de l'une ou l'autre espèce peut être fatale.