Les patients veulent voir leurs informations médicales. Les chercheurs veulent partager leurs données.

Maintenant, les scientifiques de Scripps Research ont publié une nouvelle technologie conçue pour rendre ces mesures plus faciles à effectuer et plus accessibles aux praticiens, scientifiques et le grand public.

"Il s'agit vraiment de partager des données et d'accélérer le processus de découverte, " dit Gary Siuzdak, Doctorat., professeur à Scripps Research et co-auteur de la nouvelle plateforme d'analyse de données ouvertes XCMS/METLIN, publié récemment dans Méthodes naturelles .

XCMS-MRM et METLIN-MRM représentent une plate-forme d'analyse basée sur le cloud qui permet aux scientifiques de quantifier des molécules à partir d'échantillons biologiques et de rendre leurs résultats accessibles au public.

« Quand nous disons « accessible au public », ' nous le pensons vraiment. Toute personne possédant un ordinateur aurait accès, " dit Siuzdak.

Réalisé par Siuzdak, le Centre de métabolomique et de spectrométrie de masse de Scripps Research est spécialisé dans l'utilisation d'une technique appelée spectrométrie de masse pour identifier et quantifier les petites molécules, qu'il s'agisse de médicaments ou de métabolites naturels. Les métabolites sont essentiels car ils interagissent avec tous les niveaux de la physiologie d'une personne :le génome, transcriptome et le protéome. On pourrait dire que les métabolites sont des maîtres manipulateurs de la physiologie et reflètent la signature de santé d'un individu.

Des dizaines de milliers de laboratoires dans le monde génèrent des données à l'aide de la spectrométrie de masse, la plate-forme pourrait donc également être utile en dehors de la médecine, disent les premiers auteurs de l'étude Xavier Domingo-Almenara, Doctorat., et J. Rafael Monténégro-Burke, Doctorat., de Scripps Research. Tout domaine utilisant la spectrométrie de masse pourrait bénéficier de ces nouvelles ressources, comme les sciences de l'environnement, médicaments, médecine légale, contrôle alimentaire et médecine du sport, ajoutent-ils.

Siuzdak et ses collègues ont depuis longtemps pour objectif de garder leurs outils de recherche gratuits et ouverts au public. Paul Benton, Doctorat., analyste en bioinformatique chez Scripps Research et co-auteur de l'étude, explique que l'hébergement de leur plateforme sur le cloud permet à n'importe qui, des collaborateurs aux patients, vérifier la validité des résultats de spectrométrie de masse. « À une époque où les résultats scientifiques sont constamment remis en question, les données ouvertes sont devenues un élément essentiel du processus de découverte, " dit Benton.

L'idée d'un partage de données ouvert a fait son chemin ces dernières années. Depuis son lancement en 2004, la plateforme XCMS/METLIN est passée à plus de 25, 000 utilisateurs, et les molécules de son référentiel de données ont bondi de 14, 000 à 150, 000 rien que l'année dernière, en partie grâce à une collaboration avec Calibr, une division de Scripps Research.

Les nouvelles ressources tirent parti des percées qui permettent aux scientifiques d'accélérer la recherche et d'augmenter la précision en identifiant les fragments clés d'une molécule qui la distinguent.

"Il n'y a rien d'autre même près de ça, " dit Siuzdak.

L'étude, "XCMS-MRM et METLIN-MRM :une bibliothèque cloud et une ressource publique pour l'analyse ciblée de petites molécules, " comprenait des auteurs supplémentaires de l'Université de Lausanne; CHU de Lausanne, Hôpitaux universitaires de Genève; Université d'Umeå et Imperial College de Londres.