Bien qu'il existe également des champignons, des virus et des archées dans l'intestin, les bactéries constituent la grande majorité (estimée à des milliards de bactéries). Ces bactéries appartiennent à des milliers d'espèces différentes, le phyla le plus courant étant:
* Bacteroidetes: Ces bactéries jouent un rôle dans la rupture des glucides complexes et la production d'acides gras à chaîne courte.
* Firmicutes: Ces bactéries sont impliquées dans la production de vitamines et la dégradation des fibres alimentaires.
* actinobactéries: Ces bactéries contribuent au développement du système immunitaire et aident à l'absorption des nutriments.
* Protéobactéries: Bien que certaines protéobactéries soient bénéfiques, d'autres peuvent être pathogènes et contribuer à l'inflammation intestinale.
La composition spécifique de la flore intestinale varie d'une personne à l'autre, influencée par des facteurs tels que la génétique, l'alimentation, le style de vie et les médicaments.
