Les premières cellules eucaryotes apparaissent dans le dossier fossile autour de il y a 2,7 milliards d'années (BYA) . Ces premiers eucaryotes étaient probablement des organismes unicellulaires et sont représentés par des fossiles de acritarques , qui sont des microfossiles à parois organiques d'une affinité biologique incertaine.

Cependant, il existe des preuves suggérant que les eucaryotes peuvent avoir évolué encore plus tôt, peut-être autour de 3,5 bya . Cette preuve vient de:

* Analyse des biomarqueurs: Des molécules spécifiques trouvées dans les roches anciennes suggèrent la présence d'organismes de type eucaryote avant même les premières preuves fossiles.

* Analyse génétique: Les comparaisons du matériel génétique entre différents organismes indiquent une origine beaucoup plus ancienne pour les eucaryotes.

Par conséquent, tandis que la première preuve fossile en béton de cellules eucaryotes remonte à 2.7 BYA , leur origine peut être beaucoup plus tôt, probablement entre 3,5 et 2,7 bya .