Différents systèmes d'expression ont été développés aujourd'hui et ils sont très bien implantés commercialement, notamment pour l'obtention de protéines recombinantes. Les systèmes d'expression utilisés comprennent des cultures de mammifères et d'insectes, Escherichia coli et des bactéries. L'expression dans le bacille est le principal système utilisé. Ferdinand Cohn a été le premier à décrire le genre Bacillus en 1872 et comprend un grand nombre d'espèces bactériennes gram-positives comme Bacillus subtilis, Bacillus anthracis, Bacillus megaterium et Bacillus.
Bacillus Subtilis

Bacillus subtilis is une bactérie gram-positive que l'on trouve couramment dans le sol et qui ne contient qu'une seule membrane, ce qui en fait un cadre idéal pour la sécrétion de molécules organiques. Bacillus subtilis est un hôte attractif pour la production de protéines car il a la capacité de sécréter des enzymes extracellulaires directement dans le milieu de culture. Il a également une grande capacité d'excrétion. Bacillus subtilis a été utilisé pour améliorer la qualité et la quantité des protéines étrangères sécrétées telles que l'interféron, l'hormone de croissance, le pepsinogène et le facteur de croissance épidermique. Cependant, B. subtilis produit et sécrète des niveaux élevés de protéases extracellulaires qui dégradent les protéines étrangères sécrétées. Le bacille manque également de vecteurs inductibles bien régulés, ce qui limite la large application du système B. subtilis.
Bacillus Anthracis

Bacillus anthracis est une bactérie Gram positive formant des spores qui habite le sol. Lors de son entrée dans un hôte humain, il peut proliférer rapidement et provoquer l'anthrax, une maladie impliquant la tovémie et la septicémie. Un exemple des effets négatifs de Bacillus anthracis a été son utilisation potentielle dans la guerre biologique comme démontré dans le système postal américain en 2001. Le gène spécifiant la capsule et les facteurs toxiques responsables de l'anthrax sont situés sur deux plasmides, pXO1 et pXO2 et la transcription de ces gènes est activé par le régulateur AtxA lors de la multiplication végétative. Les études sur Bacillus anthracis se sont principalement concentrées sur l'expression des gènes associés au facteur de virulence le plus établi, la toxine de l'anthrax composée d'antigènes protecteurs (AP). L'antigène protecteur de Bacillus anthracis est le principal immunogène protecteur du vaccin humain actuel contre l'anthrax.
Bacillus Megaterium

Bacillus megaterium est l'un des plus gros bacilles trouvés dans le sol. On le trouve dans de nombreuses niches écologiques car il pousse dans une grande variété de réserves de carbone. Le système d'expression de B. megaterium fournit un outil flexible et facile à manipuler pour une production de protéines stable et à haut rendement. Cela est dû à plusieurs raisons; premièrement, B. megaterium ne possède pas de protéases alcalines lui permettant d'être un bon clonage et expression de protéines étrangères sans dégradation. Deuxièmement, la bactérie sécrète facilement des protéines dans le milieu de croissance et troisièmement, aucune endotoxine n'est trouvée dans la paroi cellulaire. Il produit diverses enzymes, telles que l'amylase utilisée dans les industries du pain et la pénicilline amidase utilisée pour fabriquer des antibiotiques.
Bacillus Brevis

Bacillus brevis a été utilisé avec succès pour produire des protéines hétérologues (protéines dont la structure diffère). Peu d'études ont été faites sur le bacille du brevis, mais il est connu pour produire des protéines solubles, qui sont insolubles lorsqu'elles sont produites par le système E. coli. C'est également un hôte sûr, facile à cultiver et à stériliser. Le principal inconvénient qui limite son utilisation est le faible rendement en protéines.