Cependant, cette théorie traditionnelle pose deux problèmes importants :
1- Les preuves fossiles montrent que la vie complexe ne s'est pas formée de cette manière. Des organismes apparaissent soudainement dans les archives fossiles – déjà complexes.
2- La compétition darwinienne entre espèces ne pouvait pas être le seul moteur de l'évolution de la complexité, puisque c'était la compétition au sein des espèces - ainsi que la coopération de leurs cellules - qui facilitait l'évolution de la complexité.
Une théorie inversée de l'évolution de la complexité surmonte ces problèmes.
L'idée d'une évolution « de l'intérieur vers l'extérieur » de la complexité biologique suggère que les génomes eux-mêmes peuvent subir une évolution de la complexité.
Cela implique une compétition et une coopération entre éléments génétiques égoïstes au sein du génome plutôt qu’entre espèces.
Par exemple, Les transposons sont des séquences d'ADN répétitives qui peuvent se déplacer dans un génome. Les transposons peuvent avoir des effets bénéfiques et néfastes sur le génome, contribuant ainsi à l’évolution.
De plus, les génomes sont des systèmes complexes qui s’auto-organisent et créent de nouveaux changements génétiques et épigénétiques. Ces changements donnent naissance à de nouveaux phénotypes, qui peuvent subir une sélection naturelle au niveau de l'organisme. Ce mécanisme inversé offre une explication plus complète des origines évolutives de systèmes biologiques complexes.
