L'électrophorèse sur gel de dodécylsulfate de sodium-polyacrylamide (SDS-PAGE) est une méthode biochimique d'identification des protéines en solution. Comme l'illustrent Mathews et al dans "Biochemistry", des échantillons de protéines sont d'abord chargés dans des "puits" ou des trous à une extrémité du bloc de gel de Polyacrylamide. Un champ électrique est ensuite appliqué sur le gel. SDS, ajouté aux échantillons chargés, nie la charge naturelle des protéines. Pour cette raison, le poids moléculaire des protéines détermine à lui seul la vitesse de migration des protéines lorsqu'elles se déplacent à travers le gel vers le pôle positivement chargé, note Bitesize Bio. Les protéines multiples du même échantillon se sépareront donc les unes des autres et migreront vers des positions différentes.
Orientez la photographie du gel. "Top" est l'emplacement des puits où les échantillons ont été ajoutés à l'origine. "Bottom" est l'endroit où les échantillons ont migré vers et contient le plus souvent le front de colorant qui indique le front migrant des échantillons. La gauche ou la droite doit contenir un "marqueur", utilisé comme guide de poids moléculaire prévisible.
Étiquetez les échantillons pour chaque voie. En haut, les échantillons ajoutés aux puits auront migré verticalement dans des "voies". Par conséquent, toutes les barres visibles dans une colonne verticale proviennent de l'échantillon chargé directement au-dessus. Utilisez la règle et le stylo pour mettre des bordures sur les voies s'il est difficile de visualiser les colonnes.
Étiquetez les tailles moléculaires des bandes dans la bande marqueur. Marqueurs disponibles dans le commerce viennent avec une image du motif de bande à attendre avec les poids moléculaires de chaque bande. Les bandes sont les «barres» horizontales foncées, qui sont en fait des protéines colorées incorporées dans le gel.
Dessinez des lignes horizontales claires s'étendant de chaque bande de marqueur jusqu'au bord opposé du gel. Veillez à ce que ces lignes soient parallèles aux puits et au front de teinture. Ces lignes indiquent où les protéines du poids moléculaire indiqué par chacune des bandes de marqueur seraient situées dans chaque voie. Par exemple, une bande dans la piste 4 qui se trouve juste au-dessous de la ligne de la bande des 25 kilodaltons suggère que la bande 4 est presque de 25 kilodaltons de poids moléculaire.
Étiquetez chaque bande dans chaque voie avec son poids moléculaire estimé. Utilisez les marqueurs comme un guide, et estimez les valeurs entre les tailles de marqueur.
Ci-dessous la photographie de gel, faites une liste de "protéines" pour chaque voie. Commencez par énoncer ce que l'on sait sur chaque échantillon, comme son origine ou ses conditions. Ensuite, énumérez le poids moléculaire estimé de chaque bande dans la voie. Les voies avec une bande indiquent que l'échantillon ne contient qu'une seule protéine. Les voies avec plusieurs bandes indiquent la présence de plusieurs protéines. Les bandes qui s'exécutent avec le front de migration sont plus petites que celles suggérées par le marqueur le plus proche et ne peuvent probablement pas être prédites sauf si elles sont «plus petites que».
Dans la liste des protéines, notez les bizarreries. Un aspect «barbouillé» peut indiquer que trop de protéines sont présentes ou que la viscosité de l'échantillon affecte sa migration. Si les bandes semblent dépasser le bord de la piste ou sont assez grandes par rapport aux autres bandes, alors la concentration de cette protéine est probablement trop élevé et devrait être dilué dans l'électrophorèse future. Une coloration grisâtre sur toute la bande, plus foncée que la couleur de fond du gel, indique des fragments de protéines indiscernables.
Déterminer l'identité des protéines dans chaque bande. Bien que ce soit fait en utilisant seulement le poids moléculaire, la source de chaque voie indiquera probablement des indices aussi bien. Considérons que dans certaines conditions, les protéines peuvent maintenir une association dimère ou trimère sur un gel. Par conséquent, une protéine peut apparaître sur un gel comme trois bandes distinctes. Même si les protéines ne peuvent pas être identifiées, l'obscurité relative des bandes peut impliquer les concentrations des protéines en solution. Toute protéine curieuse et inconnue peut être isolée directement du gel original et envoyée pour identification.
