Les couleurs observées lors du scintillement ne se limitent pas au rouge, au bleu et au vert, mais peuvent englober un spectre de teintes, notamment le jaune, l'orange et même le violet. Les couleurs exactes dépendent de plusieurs facteurs, tels que la luminosité de l'étoile, sa position dans le ciel, ainsi que l'emplacement de l'observateur et les conditions atmosphériques.
L’effet scintillant est plus prononcé pour les étoiles proches de l’horizon car leur lumière doit traverser une plus grande quantité d’atmosphère. Les étoiles plus hautes dans le ciel semblent plus stables car le trajet de la lumière est moins affecté par les turbulences atmosphériques.
Il convient de noter que la couleur réelle d'une étoile est déterminée par sa température de surface et non par l'effet de scintillement. Par exemple, les étoiles rouges sont relativement plus froides, tandis que les étoiles bleues sont plus chaudes. Ces couleurs sont inhérentes aux étoiles elles-mêmes et peuvent être observées lors de l’observation du ciel nocturne dans des conditions atmosphériques stables sans scintillement significatif.