Le philosophe Bertrand Russell a déclaré: "Chaque être vivant est une sorte d'impérialiste, cherchant à transformer autant que possible son environnement en lui-même." Mis à part les métaphores, la respiration cellulaire est la manière formelle dont les êtres vivants finissent par le faire. La respiration cellulaire prend des substances capturées de l'environnement extérieur (sources d'air et de carbone) et les convertit en énergie pour construire plus de cellules et de tissus et pour mener des activités de maintien de la vie. Il génère également des déchets et de l'eau. Cela ne doit pas être confondu avec la "respiration" au sens quotidien, ce qui signifie généralement la même chose que la "respiration". La respiration est la façon dont les organismes acquièrent de l'oxygène, mais ce n'est pas la même chose que le traitement de l'oxygène, et la respiration ne peut pas fournir le carbone également nécessaire à la respiration; l'alimentation en prend soin, au moins chez les animaux.

La respiration cellulaire se produit à la fois chez les plantes et les animaux, mais pas chez les procaryotes (par exemple, les bactéries), qui manquent de mitochondries et d'autres organites et ne peuvent donc pas utiliser l'oxygène, en les limitant à la glycolyse comme source d'énergie. Les plantes sont peut-être plus souvent associées à la photosynthèse qu'à la respiration, mais la photosynthèse est la source d'oxygène pour la respiration des cellules végétales ainsi qu'une source d'oxygène qui sort de la plante et peut être utilisée par les animaux. Le sous-produit ultime dans les deux cas est l'ATP, ou adénosine triphosphate, le principal vecteur d'énergie chimique des êtres vivants.
L'équation de la respiration cellulaire

La respiration cellulaire, souvent appelée respiration aérobie, est la panne complète de la molécule de glucose en présence d'oxygène pour produire du dioxyde de carbone et de l'eau:

C _{6H 12O 6 + 6O 2 + 38 ADP +38 P -> 6CO 2 + 6H 2O + 38 ATP + 420 Kcal}

Cette équation a une composante d'oxydation (C _{6H 12O 6 -> 6CO 2) , essentiellement une élimination d'électrons sous forme d'atomes d'hydrogène. Il a également un composant de réduction, 6O 2 -> 6H 2O, qui est l'addition d'électrons sous forme d'hydrogène.}

Ce que l'équation dans son ensemble se traduit par est que l'énergie contenue dans les liaisons chimiques des réactifs est utilisée pour connecter l'adénosine diphosphate (ADP) aux atomes de phosphore libres (P) pour générer l'adénosine triphosphate (ATP).

Le processus dans son ensemble comprend plusieurs étapes: La glycolyse a lieu dans le cytoplasme, suivie par le cycle de Krebs et la chaîne de transport d'électrons dans la matrice mitochondriale et sur la membrane mitochondriale respectivement.
Le processus de glycolyse

La première étape de la dégradation du glucose dans les plantes et les animaux est une série de 10 réactions appelées glycolyse. Le glucose pénètre dans les cellules animales de l'extérieur, via des aliments qui sont décomposés en molécules de glucose qui circulent dans le sang et sont absorbés par les tissus où l'énergie est la plus nécessaire (y compris le cerveau). Les plantes, en revanche, synthétisent le glucose en absorbant le dioxyde de carbone de l'extérieur et en utilisant la photosynthèse pour convertir le CO _{2 en glucose. À ce stade, peu importe comment il y est arrivé, chaque molécule de glucose est engagée dans le même sort.}

Au début de la glycolyse, la molécule de glucose à six carbones est phosphorylée pour la piéger à l'intérieur de la cellule; les phosphates sont chargés négativement et ne peuvent donc pas dériver à travers la membrane cellulaire comme le peuvent parfois les molécules non polaires non chargées. Une seconde molécule de phosphate est ajoutée, ce qui rend la molécule instable, et elle est rapidement clivée en deux composés tridimensionnels non identiques. Ceux-ci prennent rapidement la forme chimique venue et sont réarrangés en une série d'étapes pour finalement produire deux molécules de pyruvate. En cours de route, deux molécules d'ATP sont consommées (elles fournissent les deux phosphates ajoutés au glucose dès le début) et quatre sont produites, deux par chaque processus à trois carbones, pour donner un filet de deux molécules d'ATP par molécule de glucose.

Chez les bactéries, la glycolyse seule suffit aux besoins énergétiques de la cellule - et donc de l'organisme tout entier -. Mais chez les plantes et les animaux, ce n'est pas le cas, et avec le pyruvate, le destin ultime du glucose a à peine commencé. Il convient de noter que la glycolyse elle-même ne nécessite pas d'oxygène, mais l'oxygène est généralement inclus dans les discussions sur la respiration aérobie et donc la respiration cellulaire car il est nécessaire pour synthétiser le pyruvate.
Mitochondries vs chloroplastes

Une idée fausse courante parmi les amateurs de biologie, les chloroplastes remplissent la même fonction chez les plantes que les mitochondries chez les animaux, et que chaque type d'organisme n'a qu'un ou l'autre. Ce n'est pas le cas. Les plantes ont à la fois des chloroplastes et des mitochondries, tandis que les animaux n'ont que des mitochondries. Les plantes utilisent des chloroplastes comme générateurs - elles utilisent une petite source de carbone (CO _{2) pour en construire une plus grande (glucose). Les cellules animales obtiennent leur glucose en décomposant les macromolécules telles que les glucides, les protéines et les graisses, et n'ont donc pas besoin de créer du glucose de l'intérieur. Cela peut sembler étrange et inefficace dans le cas des plantes, mais les plantes ont développé une caractéristique que les animaux n'ont pas: la capacité d'exploiter la lumière du soleil pour une utilisation directe dans les fonctions métaboliques. Cela permet aux plantes de fabriquer littéralement leur propre nourriture.}

Les mitochondries seraient une sorte de bactérie autonome il y a plusieurs centaines de millions d'années, une théorie étayée par leur ressemblance structurelle remarquable avec les bactéries ainsi que leur mécanisme métabolique et la présence de leur propre ADN et organites appelés ribosomes. Les eucaryotes ont vu le jour il y a plus d'un milliard d'années lorsqu'une cellule a réussi à en engloutir une autre (l'hypothèse de l'endosymbionte), ce qui a conduit à un arrangement qui a été très bénéfique pour le joueur dans cet arrangement en raison de l'expansion des capacités de production d'énergie. Les mitochondries sont constituées d'une double membrane plasmique, comme les cellules elles-mêmes; la membrane interne comprend des plis appelés crêtes. La partie interne des mitochondries est connue comme la matrice et est analogue au cytoplasme des cellules entières.

Les chloroplastes, comme les mitochondries, ont des membranes externes et internes et leur propre ADN. À l'intérieur de l'espace clos par la membrane interne se trouve un assortiment de poches membraneuses interconnectées, en couches et remplies de fluide appelées thylakoïdes. Chaque "pile" de thylakoïdes forme un granum (pluriel: grana). Le fluide à l'intérieur de la membrane interne qui entoure le grana est appelé stroma.

Les chloroplastes contiennent un pigment appelé chlorophylle qui donne aux plantes leur coloration verte et sert de collecteur de lumière solaire pour la photosynthèse. L'équation de la photosynthèse est exactement l'inverse de celle de la respiration cellulaire, mais les étapes individuelles pour passer du dioxyde de carbone au glucose ne ressemblent en rien aux réactions inverses de la chaîne de transport d'électrons, du cycle de Krebs et de la glycolyse.
Le cycle de Krebs

Dans ce processus, également appelé cycle d'acide tricarboxylique (TCA) ou cycle d'acide citrique, les molécules de pyruvate sont d'abord converties en molécules à deux carbones appelées acétyl coenzyme A (acétyl CoA). Cela libère une molécule de CO _{2. Les molécules d'acétyl CoA pénètrent ensuite dans la matrice mitochondriale, où chacune se combine avec une molécule d'oxaloacétate à quatre carbones pour former de l'acide citrique. Ainsi, si vous faites une comptabilité minutieuse, une molécule de glucose se traduit par deux molécules d'acide citrique au début du cycle de Krebs.}

L'acide citrique, une molécule à six carbones, est réorganisé en isocitrate, puis un atome de carbone est éliminé pour former du cétoglutarate, avec un CO _{2 sortant du cycle. Le cétoglutarate est à son tour dépouillé d'un autre atome de carbone, générant un autre CO 2 et succinate et formant également une molécule d'ATP. De là, la molécule de succinate à quatre carbones est transformée séquentiellement en fumarate, malate et oxaloacétate. Ces réactions voient les ions hydrogène retirés de ces molécules et collés sur les porteurs d'électrons de haute énergie NAD + et FAD + pour former respectivement NADH et FADH 2, ce qui est essentiellement une "création" d'énergie déguisée, comme vous le verrez bientôt. A la fin du cycle de Krebs, la molécule de glucose d'origine a donné naissance à 10 NADH et deux FADH 2 molécules.}

Les réactions du cycle de Krebs ne produisent que deux molécules d'ATP par molécule de glucose d'origine, un pour chaque "tour" du cycle. Cela signifie qu'en plus des deux ATP produits par la glycolyse, après le cycle de Krebs, le résultat est un total de quatre ATP. Mais les résultats réels de la respiration aérobie doivent encore se dévoiler à ce stade.
La chaîne de transport d'électrons

La chaîne de transport d'électrons, qui se produit sur les crêtes de la membrane mitochondriale interne, est la première étape de la cellule respiration qui repose explicitement sur l'oxygène. Le NADH et le FADH _{2 produits dans le cycle de Krebs sont maintenant sur le point de contribuer à la libération d'énergie de manière majeure.}

La façon dont cela se produit est que les ions hydrogène stockés sur ces molécules porteuses d'électrons (un hydrogène ion peut, aux fins actuelles, être considéré comme une paire d'électrons en termes de sa contribution à cette partie de la respiration) sont utilisés pour créer un gradient chimiosmotique. Vous avez peut-être entendu parler d'un gradient de concentration, dans lequel les molécules s'écoulent de régions de concentration plus élevée vers des zones de concentration plus faible, comme un cube de sucre se dissolvant dans l'eau et les particules de sucre se dispersant partout. Dans un gradient chimiosmotique, cependant, les électrons de NADH et FADH _{2 finissent par être transmis par des protéines incorporées dans la membrane et servant de systèmes de transfert d'électrons. L'énergie libérée dans ce processus est utilisée pour pomper des ions d'hydrogène à travers la membrane et créer un gradient de concentration à travers elle. Cela conduit à un flux net d'atomes d'hydrogène dans une direction, et ce flux est utilisé pour alimenter une enzyme appelée ATP synthase, qui fait de l'ATP à partir d'ADP et de P. Pensez à la chaîne de transport d'électrons comme quelque chose qui met un grand poids d'eau derrière une roue à eau, dont la rotation ultérieure est utilisée pour construire des choses.}

Ce n'est pas un hasard, c'est le même processus utilisé dans les chloroplastes pour alimenter la synthèse du glucose. La source d'énergie pour créer un gradient à travers la membrane chloroplastique n'est dans ce cas pas NADH et FADH _{2, mais la lumière du soleil. Le flux subséquent d'ions hydrogène dans le sens d'une concentration d'ions H + inférieure est utilisé pour alimenter la synthèse de molécules de carbone plus grandes à partir de plus petites, en commençant par CO 2 et se terminant par C 6H 12O 6.}

L'énergie qui s'écoule du gradient chimiosmotique est utilisée pour alimenter non seulement la production d'ATP mais aussi d'autres processus cellulaires vitaux, tels que la synthèse des protéines. Si la chaîne de transport d'électrons est interrompue (comme dans le cas d'une privation prolongée en oxygène), ce gradient de protons ne peut pas être maintenu et la production d'énergie cellulaire s'arrête, tout comme une roue hydraulique cesse de couler lorsque l'eau qui l'entoure n'a plus de gradient pression-débit.

Parce qu'il a été démontré expérimentalement que chaque molécule de NADH produit environ trois molécules d'ATP et que chaque FADH _{2 produit deux molécules d'ATP, l'énergie totale libérée par la réaction en chaîne de transport d'électrons est (se référant à la section précédente) 10 fois 3 (pour NADH) plus 2 fois 2 (pour FADH 2) pour un total de 34 ATP. Ajoutez ceci au 2 ATP de la glycolyse et au 2 du cycle de Krebs, et c'est de là que vient le chiffre 38 ATP dans l'équation de la respiration aérobie.}