Les matériaux peuvent entrer et sortir du noyau par les pores nucléaires, qui sont de grands complexes protéiques traversant l’enveloppe nucléaire. Ces pores permettent le transport de molécules telles que les protéines, l'ARN et l'ADN entre le noyau et le cytoplasme.

Le complexe des pores nucléaires (NPC) est une structure hautement organisée composée de plusieurs protéines appelées nucléoporines. Ces protéines forment un canal à travers l’enveloppe nucléaire qui permet le passage des molécules. Le NPC est également responsable de la régulation du transport des molécules vers et hors du noyau.

Les molécules qui doivent entrer ou sortir du noyau sont transportées à travers le NPC par des protéines porteuses. Ces protéines se lient aux molécules et les transportent à travers le canal. Le transport de molécules à travers le NPC est un processus actif qui nécessite de l'énergie.

Le NPC est également chargé d’empêcher l’entrée de substances nocives dans le noyau. Pour ce faire, il laisse passer sélectivement certaines molécules tout en en bloquant d’autres. Ce processus est important pour maintenir l’intégrité de la cellule.