Dans la nature, le chlorate de potassium joue un rôle dans le cycle du chlore dans l'environnement. C'est l'un des intermédiaires formés lors de l'oxydation des ions chlorure dans l'eau de mer et d'autres plans d'eau naturels. Le processus d’oxydation est souvent provoqué par l’action de micro-organismes, tels que certaines bactéries et algues, qui utilisent le chlorure comme donneur d’électrons pendant la photosynthèse.
Le chlorate de potassium est également présent dans certaines plantes, où il peut s'accumuler en raison des processus métaboliques de la plante ou en raison de l'absorption de chlorate provenant de l'environnement. Cependant, les concentrations de chlorate de potassium dans les plantes sont généralement très faibles et ne présentent pas de risque significatif pour la santé humaine ou l'environnement.
Dans l’ensemble, le chlorate de potassium est une substance naturellement présente dans les gisements minéraux et résultant de l’activité microbienne de l’environnement. Sa présence et sa répartition sont influencées par des facteurs géologiques et biologiques, et ses concentrations sont généralement faibles dans les écosystèmes naturels.