Outre la différence de composition, les composés et les molécules diffèrent également par leurs propriétés. Les composés sont généralement plus stables que les molécules et ont des points d’ébullition et de fusion plus élevés. En effet, les liaisons chimiques entre les atomes d’un composé sont plus fortes que les liaisons entre les atomes d’une molécule.
Enfin, les composés et les molécules diffèrent par leur réactivité. Les composés sont généralement plus réactifs que les molécules, car les liaisons chimiques entre les atomes d'un composé sont plus facilement rompues. Cela signifie que les composés sont plus susceptibles de subir des réactions chimiques que les molécules.