Lyse est un mot qui vient du grec et qui signifie simplement "se séparer" ou "éclater". Bien, les termes se rapportent à ce qui arrive aux cellules dans un tampon de lyse, une solution qui les ouvre pour extraire leur contenu. Les scientifiques utilisent des tampons de lyse pour extraire l'ADN ou les protéines des cellules à des fins d'analyse, en particulier dans le cas des bactéries. Le type de tampon de lyse cellulaire varie selon le type d'expérience, bien que les choix suivants soient communs.
TL; DR (Trop long; Pas lu)
Les tampons de lyse aident à: briser les cellules ouvertes, de sorte que leur contenu peut être consulté ou supprimé. Quelques exemples incluent des sels, des détergents, des agents chélatants et des inhibiteurs, et quelques produits chimiques alcalins.
Tampon et sel
Les tampons stabilisent le pH pendant que les cellules se séparent. Le Tris-HCL est l'un des produits chimiques les plus couramment utilisés pour le tamponnage à pH 8. HEPES est un autre produit chimique tampon couramment utilisé dans ces expériences. Sel de chlorure de sodium peut également augmenter la force ionique, la concentration totale de solutés à l'extérieur des cellules. Ce dernier point a une certaine importance puisque l'eau peut diffuser à travers les membranes cellulaires des régions de faible concentration de soluté aux régions de forte concentration de soluté. Les détergents dissolvent les membranes cellulaires pour que le contenu de la cellule puisse s'échapper . La structure moléculaire a et amphipathique (c'est-à-dire des molécules avec une extrémité qui interagit facilement avec les molécules d'eau tandis que l'autre extrémité hydrophobe ou "craignant l'eau" ne le fait pas). Ils peuvent dissoudre les graisses en formant des micelles, de petites grappes où les queues hydrophobes des molécules de détergent pointent vers l'intérieur vers les molécules de graisse. Les détergents courants comprennent le dodécylsulfate de sodium ou le SDS, le NP-40 et le tritonX. Les tampons de lyse comprennent également des agents chélatants tels que l'acide éthylènediaminetétraacétique (EDTA) ou l'éthylène glycol tétraacétique. acide (EGTA). Ces produits chimiques se lient aux ions métalliques avec deux charges positives (par exemple, le magnésium et le calcium), ce qui les rend indisponibles pour d'autres réactions. Beaucoup de DNAses (protéines qui mâchent l'ADN) et de protéases (protéines qui découpent d'autres protéines) ont besoin d'ions magnésium pour fonctionner, donc en les privant de cet ingrédient clé, l'EDTA et l'EGTA aident à réduire le niveau d'activité protéase ou ADNase. Ils ne l'excluent pas complètement, cependant, et certaines protéases ne dépendent pas de cofacteurs de magnésium, donc les tampons de lyse comprennent parfois aussi des produits chimiques appelés inhibiteurs de la protéase, qui se lient aux protéases, et les empêchent de fonctionner correctement. > Lysis alcaline La lyse alcaline, technique très courante de purification des plasmides à partir de bactéries, implique trois solutions. Le premier contient du glucose, du tampon tris-HCL, de l'EDTA et des ARNases. Le glucose crée une forte concentration de soluté à l'extérieur des bactéries, de sorte qu'elles deviennent un peu flasques, ce qui les rend plus faciles à lyser. L'EDTA et le tris-HCL fonctionnent comme décrit précédemment, tandis que le RNAse va mâcher n'importe quel ARN à l'intérieur de la cellule pour l'éliminer. La deuxième solution lyse réellement les cellules. Celui-ci contient du détergent SDS et du NaOH, ce qui élève le pH à 12 ou plus, dénaturant les protéines à l'intérieur de la cellule et provoquant la séparation de l'ADN en simples brins. La troisième solution contient de l'acétate de potassium pour ramener le pH à un niveau plus neutre afin que les brins d'ADN plasmidique puissent revenir ensemble. Pendant ce temps, les protéines dénaturées s'agglutinent et se précipitent, tandis que les ions dodécyl-sulfate s'associent aux ions potassium pour former un composé insoluble qui précipite également dans la solution.
