L'image de couverture illustre la méthode TauRAMD qui est basée sur la technique de dynamique moléculaire d'accélération aléatoire et conçue pour le calcul des temps de résidence relatifs, tau, de composés apparentés aux médicaments. Crédit :Daria Kokh
Les chercheurs de HITS ont développé tauRAMD, un outil pour prédire les temps de résidence des médicaments cibles à partir de courtes simulations. La méthode est illustrée sur la page couverture du numéro de juillet 2018 du Journal of Chemical Theory and Computation, le logiciel est disponible gratuitement.
La conception d'un médicament avec une durée d'action souhaitée, qu'il soit long ou court, est généralement un processus d'essais et d'erreurs compliqué et coûteux, guidé uniquement par un mélange d'intuition d'expert et de sérendipité. L'un des paramètres affectant l'efficacité du médicament est la durée de vie du complexe formé entre un médicament et sa protéine cible, dont la fonction doit être modifiée, par exemple. inhibé. En pratique, de nombreux composés chimiques possibles doivent être synthétisés puis testés pour découvrir un candidat médicament approprié.
Méthode simple et haute performance
Dans le cadre du projet Kinetics for Drug Discovery (K4DD) soutenu par l'entreprise commune UE/EFPIA Innovative Medicines Initiative, des chercheurs du groupe de modélisation moléculaire et cellulaire (MCM) de l'Institut d'études théoriques de Heidelberg (HITS) ont développé une méthode informatique efficace et facile à utiliser pour prédire les durées de vie relatives des complexes d'une protéine cible avec différents candidats médicaments. Les scientifiques ont démontré la haute performance prédictive de l'approche informatique en utilisant des données expérimentales mesurées par des collaborateurs de Merck KGaA (Darmstadt), Sanofi-Aventis Deutschland (Francfort-sur-le-Main), et R&D Sanofi (Vitry-sur-Seine, La France).
La méthode, appelé tauRAMD (temps de résidence, tau, estimation à l'aide de simulations de dynamique moléculaire d'accélération aléatoire) a été développé pour une utilisation facile et permet de calculer des temps de séjour longs avec des simulations courtes. Il a été appliqué avec succès à divers ensembles de composés liant une gamme de protéines cibles thérapeutiquement importantes. Le logiciel est disponible gratuitement sur www.h-its.org/downloads/ramd/.
