Les scientifiques travaillant dans le domaine de la chimie organique créent et étudient de nouvelles molécules à l'aide de la résonance magnétique. Les normes utilisées pour retranscrire les données collectées sont, cependant, spécifique à chaque laboratoire ou publication, rendant difficile l'exportation des informations par voie électronique et donc leur utilisation par la communauté scientifique. Une équipe internationale dirigée par des chimistes de l'Université de Genève (UNIGE) a développé un nouveau langage électronique commun qui traduit les données de chaque molécule exactement de la même manière et facilite son exportation d'un système d'information à un autre. Cela signifie que les chimistes du monde entier peuvent accéder facilement à des données directement réutilisables, résultant en un gain de temps considérable pour les recherches futures. Cette étude, publié dans la revue Résonance magnétique en chimie , ouvre la voie à la création d'une communauté internationale, base de données en accès libre et outils spécifiques, y compris l'analyse de l'intelligence artificielle.
Les chimistes organiques créent de nouvelles molécules à base d'atomes de carbone; ceux-ci sont si petits, cependant, qu'il est impossible de voir ce qu'ils synthétisent. Les chercheurs utilisent la résonance magnétique pour vérifier ces compositions rendues « aveugles » :chaque atome qui compose la molécule émet un signal, dont la fréquence est traduite sous la forme d'un spectre que les chimistes peuvent ensuite décoder. Pour déterminer la structure d'une molécule, les chercheurs doivent être capables de « lire » les spectres de résonance magnétique.
Les chimistes ont un vocabulaire spécifique pour décrire les spectres et détailler la résonance des atomes. Mais la façon dont les données brutes sont traduites dans une langue écrite varie en fonction du laboratoire individuel, le logiciel utilisé et la publication particulière. En bref, il n'y a pas de base de données disponible pour les structures moléculaires attribuées ou aucune uniformité dans la façon dont les spectres sont traités et les données qui leur sont attribuées. "C'est pourquoi il est très difficile de réutiliser les données générées par d'autres laboratoires, " explique Damien Jeannerat, chercheur au Département de chimie organique de la Faculté des sciences de l'UNIGE. « Nous avons donc eu l'idée de concevoir un langage électronique unique permettant de passer d'un système à un autre sans perdre en précision, et de construire une internationale, base de données en libre accès."
Les chimistes de l'UNIGE se sont associés à des spécialistes de terrain et ont introduit un nouveau langage électronique pouvant servir de standard pour le traitement des données des molécules organiques. "Notre nouveau format, appelé NMReDATA, fonctionne selon un système d'étiquettes qui sont attribuées à chaque donnée extraite des spectres dans un ordre défini, et qui peut être facilement lu par un ordinateur, " dit Marion Pupier, ingénieur chimiste au Département de chimie organique de l'UNIGE. La fréquence de chaque atome sera décrite dans une séquence montrant le déplacement chimique, le nombre d'atomes, les accouplements, les corrélations interatomiques et enfin les assignations. "Jusqu'à maintenant, chacun a utilisé sa propre séquence pour transmettre la même information, rendant impossible le transfert électronique d'un ordinateur à un autre et obligeant les chercheurs à surveiller et à réorganiser constamment l'information. Mais il n'y aura pas besoin de faire ça avec notre système, grâce à la nature uniforme de la langue, " dit Damien Jeannerat.
L'idée d'un langage électronique commun est intimement liée à la volonté de créer des bases de données en libre accès. "Cela permettrait aux chimistes de retrouver la composition exacte des molécules qu'ils étudient sans avoir à refaire le travail qui a déjà été fait par le passé, " précise Marion Pupier. Les informations seront visibles et disponibles partout et à tout moment, un gain de temps et d'argent considérable pour la recherche en chimie organique.
Il ne reste plus qu'à diffuser le nouveau format et à en faire la norme de publication d'articles dans les grandes revues internationales. "Nous espérons que tous les logiciels seront pleinement opérationnels dans environ un an, et que NMReDATA sera utilisé par tout le monde, " dit Jeannerat en guise de conclusion.
