* présence de chlorophylle: L'observation la plus directe est la présence de chlorophylle. La chlorophylle est le pigment qui absorbe l'énergie lumineuse pour la photosynthèse. Si l'organisme est vert ou a une teinte verdâtre, elle pourrait indiquer la présence de chlorophylle. Cela peut être observé visuellement ou avec un microscope.

* Production d'oxygène: Les autotrophes libèrent l'oxygène comme sous-produit de la photosynthèse. La mesure des niveaux d'oxygène autour de l'organisme ou l'observation des bulles de libération d'oxygène serait un indicateur fort.

* Présence de structures photosynthétiques: Certains organismes, comme les algues, ont des structures spécialisées pour la photosynthèse, comme les chloroplastes. L'observation de ces structures au microscope serait un signe définitif d'autotrophie.

* Croissance en l'absence d'aliments biologiques: Si un organisme peut se développer et prospérer dans un environnement dépourvu de sources d'aliments biologiques (comme dans l'océan profond), il suggère qu'il obtient ses nutriments par l'autotrophie.

* Fixation en carbone: En utilisant des techniques de traçage du carbone radioactif, les scientifiques peuvent suivre l'absorption et l'incorporation de dioxyde de carbone en molécules organiques. Il s'agit d'un indicateur définitif de l'activité autotrophique.

Remarque importante: Certains organismes peuvent basculer entre la nutrition autotrophe et hétérotrophique, selon les conditions environnementales.