Une fois que vous avez exécuté des échantillons d'ADN sur un gel d'agarose et que vous avez pris une photo, vous pouvez enregistrer l'image pour plus tard, à quel moment vous pouvez analyser les résultats et les interpréter. Le genre de choses que vous cherchez dépendra de la nature de votre expérience. Si vous faites des empreintes génétiques, par exemple, vous voudrez comparer la taille des morceaux d'ADN de deux échantillons - du suspect et d'un échantillon de scène de crime, peut-être. Si vous travaillez avec des plasmides provenant de bactéries, vous devrez peut-être vous assurer que le plasmide contient l'insert. Par conséquent, la façon dont vous interprétez votre gel dépendra en partie de l'expérience que vous avez faite. Néanmoins, il y a quelques règles générales que vous pouvez appliquer.

En partant du haut de l'image, mesurez la distance de chaque bande dans la voie "standards" de votre gel (alias l'échelle). La ligne des standards contient des morceaux d'ADN dont la taille est déjà connue, donc vous devriez déjà connaître la taille de chacun avant de commencer votre expérience. Mesurez également la distance parcourue par les bandes dans chacune des bandes d'échantillon.

Divisez la distance entre chaque étalon et chaque bande dans les échantillons parcourus par la distance jusqu'au fond du gel. Le résultat est appelé la mobilité relative. Vous pouvez utiliser le tableur pour effectuer l'arithmétique à votre place s'il accélère cette étape.

Entrez la mobilité relative et la taille de chaque standard dans votre tableur, puis utilisez l'outil graphique de votre tableur pour créer un graphique de ces données avec la mobilité relative sur l'axe des x et la taille sur le y.

Ajuster une ligne au graphique en utilisant la régression non linéaire. Consultez la section Aide de votre tableur si vous avez besoin de savoir comment procéder. Vous devriez vous retrouver avec une équation, peut-être semblable à la suivante:

y = (0.3) x ^ -2.5

Notez que x sera ici la mobilité relative, alors que y est la Taille. Notez également que votre équation peut avoir des nombres complètement différents pour l'exposant et le coefficient - cette équation est simplement fournie comme un exemple hypothétique.

Prenez la mobilité relative pour les bandes de votre échantillon et branchez-la en tant que x

Supposons que l'équation dérivée de votre tableur soit en effet y = (0,3) x ^ -2,5, et que la mobilité relative d'une bande d'échantillon donnée soit de 0,68 . En substituant 0,68 dans votre équation, vous trouvez ce qui suit:

y = (0.3) (0.68) ^ - 2.5

En utilisant votre calculatrice, vous augmentez 0.68 à -2.5 et vous trouvez ce qui suit:

y = (0.3) (2.62)

y = 0.786

qui serait alors la taille estimée en kilobases de l'ADN dans l'une des bandes de votre échantillon.

Plasmides

Notez que vous pouvez utiliser ou non les instructions de cette section. L'électrophorèse sur gel d'agarose est souvent utilisée pour confirmer qu'un plasmide contient un insert donné. Si vous ne travaillez pas avec des plasmides, vous pouvez ignorer cette section. Si vous êtes, cependant, vous pouvez suivre ces instructions.

Notez que si vous travaillez avec des plasmides non coupés ou coupés, vous ne pouvez pas estimer la taille en utilisant la procédure de la section 1 ci-dessus. C'est parce que les plasmides non coupés et entaillés migrent à des vitesses différentes de l'ADN linéaire.

Comparez le nombre de bandes dans chaque voie. Rappelons qu'une enzyme de restriction coupe l'ADN aux sites où une séquence donnée appelée le site de restriction se produit. Si un échantillon a été traité avec DEUX enzymes de restriction, une bande pour l'insert et une bande pour le reste du plasmide doivent toutes deux être présentes. En effet, l'insert sera flanqué de deux sites de restriction, chacun pour une enzyme différente, de sorte que des coupures sur ces deux sites libéreront l'insert du plasmide. Une coupure sur un seul site, au contraire, convertira le plasmide en ADN linéaire. Une coupe d'échantillon sans enzymes de restriction ou une enzyme de restriction devrait alors comporter une seule bande, alors qu'un échantillon coupé avec deux enzymes de restriction devrait comporter deux bandes.

Cherchez les bandes créées par l'ADN plasmidique coupé. Un plasmide entaillé n'a qu'une coupe dans un seul brin, de sorte qu'il migre plus lentement qu'un plasmide coupé. Les plasmides coupés migrent à leur tour plus lentement que l'ADN non coupé.

Estimez la taille de l'insert en utilisant la procédure décrite dans la section 1 et déterminez si cela correspond à vos attentes (qui varient en fonction de l'expérience).