S'il est vrai que la gravité massive de Jupiter peut influencer les trajectoires des comètes et que la comète cordonnante-levy 9 est entrée en collision avec Jupiter en 1994, Hale-Bopp est passé relativement loin de la planète. Il est entré dans les 1,3 unités astronomiques (UA) de Jupiter en 1997, qui est à peu près la distance entre le soleil et Mars. Cette distance est considérée comme trop loin pour que la gravité de Jupiter modifie considérablement le chemin de la comète ou provoque une collision.

La rencontre étroite de Hale-Bopp avec Jupiter a provoqué des changements dans son orbite, mais il a continué sur son chemin autour du soleil et est toujours là dans le système solaire extérieur.