Les trous noirs les plus notables du jeu sont:
* le trou noir au centre de la galaxie: Ceci est mentionné dans la tradition du jeu et c'est ce que les Spectrobes utilisent pour voyager entre les planètes et les galaxies.
* Les trous noirs dans les niveaux du jeu: Ceux-ci peuvent être utilisés pour se déplacer rapidement vers d'autres zones du niveau ou pour atteindre des zones autrement inaccessibles.
Cependant, il n'y a pas un seul trou noir nommé qui se démarque comme un point focal majeur dans le scénario de Spectrobes.