Il existe deux principaux types de microscopes électroniques:
* Microscope électronique à transmission (TEM): Ce type utilise un faisceau d'électrons qui est passé à travers l'échantillon. Les électrons qui traversent l'échantillon créent une image sur un écran. Les TEM peuvent être utilisés pour visualiser des tranches de matériau très minces, telles que les cellules, les virus et les protéines.
* Microscope électronique à balayage (SEM): Ce type utilise un faisceau d'électrons qui est scanné à travers la surface de l'échantillon. Les électrons qui sont réfléchis à partir de l'échantillon sont détectés et utilisés pour créer une image. SEMS peut être utilisé pour visualiser la surface des objets, tels que les pièces métalliques, les insectes et les roches.
Les microscopes électroniques ont une résolution beaucoup plus élevée que les microscopes lumineux car les électrons ont une longueur d'onde beaucoup plus courte que la lumière. Cela leur permet de visualiser des objets beaucoup plus petits, jusqu'au niveau atomique.
Voici un tableau comparant les deux types:
| Caractéristique | Microscope optique | Microscope électronique (TEM &SEM) |
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| Résolution | Limité par longueur d'onde de lumière (environ 200 nm) | Beaucoup plus élevé, limité par la longueur d'onde des électrons (environ 0,1 nm) |
| échantillon | Des tranches minces ou des échantillons vivants | Nécessite généralement des sections minces, mais peut être utilisée sur des échantillons solides |
| Grandnification | Jusqu'à 1500x | Jusqu'à 1 000 000x |
| Coût | Relativement peu coûteux | Très cher |
| Maintenance | Relativement bas | Haut |
Bien que les microscopes électroniques soient des outils puissants, ils ont des inconvénients. Ils sont chers et nécessitent une formation spécialisée pour fonctionner. De plus, les échantillons doivent être préparés d'une manière spéciale, ce qui peut modifier leur structure.