Les principaux types de bactéries étaient traditionnellement classés par caractéristiques physiques ou réactions à différents types de coloration. L'avènement de la génétique moléculaire a permis une division plus minutieuse des différents groupes de bactéries. Beaucoup de scientifiques croient que l'ancienne classification des bactéries devrait être divisée en deux royaumes ou plus.

Royaumes

La classification la plus élevée des êtres vivants est celle des royaumes. Les bactéries ont été une fois classifiées dans un royaume connu sous le nom de Protista, mais beaucoup de scientifiques soutiennent que l'ancien royaume devrait être divisé en deux royaumes basés sur des preuves génétiques moléculaires. Les nouveaux royaumes seraient de vraies bactéries, Eubactéries, et de vieilles bactéries, Archaebactéries, qui survivent aujourd'hui dans des environnements extrêmes. Certains suggèrent une nouvelle division phylogénétique connue sous le nom de domaines ou superkingdoms, parce que les Archaebacteria sont si distincts, ils pourraient être divisés en trois royaumes de leur propre: Crenarchaeota, les bactéries thermophilic; Euryarchaeota, bactéries halophiles et méthanogènes; et Korarchaeota, trouvé dans les sources chaudes.

Phylums

Pour les bactéries autres que les Archaebactéries, il y a cinq phylums distincts, la branche suivante dans l'arbre phylogénétique. Les protéobactéries sont symbiotiques avec les plantes et les aident à fixer l'azote de l'atmosphère. Les cyanobactéries sont connues sous le nom de bactéries bleu-vert. Les bactéries d'Eubacteria sont classiquement classées Gram-positives et ont des parois cellulaires qui ont différentes couches que d'autres bactéries. Les spirochètes poussent dans des colonies en spirale. Les Chlamydiae sont des parasites intracellulaires.

Classification traditionnelle

Les bactéries peuvent être décrites comme pathogènes (causant des maladies) ou non pathogènes. Ils peuvent également être décrits comme Gram positif ou Gram négatif. Cela se réfère à savoir si oui ou non ils absorbent un colorant par coloration de Gram. Les bactéries Gram-positives n'ont pas de membrane cellulaire externe, et les peptidoglycanes leur permettent d'être colorées avec du cristal violet. Les bactéries à Gram négatif possèdent une membrane cellulaire externe mais manquent de peptidoglycanes, ce qui les empêche d'être colorées.