Les modèles physiques peuvent être difficiles à créer, en particulier pour les systèmes complexes. Leur construction et leur maintenance peuvent également être coûteuses et longues. Les modèles physiques peuvent également ne pas être en mesure de représenter avec précision tous les aspects d’un système, car certains éléments peuvent être trop petits ou trop complexes pour être modélisés avec précision. De plus, les modèles physiques peuvent être difficiles à modifier ou à mettre à jour, car ils sont souvent fixes et ne peuvent pas être facilement modifiés. Cela peut rendre difficile le suivi des changements dans le système modélisé. De plus, les modèles physiques peuvent être difficiles à transporter et à stocker, car ils peuvent être volumineux et lourds.