La principale source d’énergie d’un cours d’eau ombragé est la matière organique allochtone, qui fait référence à la matière organique provenant de l’extérieur de l’écosystème du cours d’eau. Cette matière organique provient de diverses sources, notamment les feuilles mortes, les brindilles, les branches et autres matières végétales des arbres riverains, ainsi que les insectes et animaux terrestres qui tombent dans le ruisseau. La matière organique allochtone fournit de l’énergie vitale et des nutriments qui soutiennent le réseau trophique et la dynamique globale de l’écosystème du cours d’eau ombragé. Les détritivores tels que les macroinvertébrés décomposent cette matière organique et libèrent des nutriments qui profitent aux producteurs primaires (par exemple les algues et les mousses) grâce au processus de décomposition. Ces producteurs primaires servent ensuite de nourriture aux niveaux trophiques suivants, notamment les insectes, les poissons et d’autres organismes aquatiques, formant ainsi un écosystème dynamique centré autour de cette source d’énergie externe.