Au cours de la chaîne de transport des électrons, les électrons de haute énergie transitent par une série de complexes protéiques, libérant de l'énergie qui est utilisée pour pomper des protons à travers la membrane mitochondriale interne. Cela crée un gradient de protons qui pilote la synthèse d’adénosine triphosphate (ATP), la monnaie énergétique universelle des cellules.
La chaîne de transport d’électrons est très efficace pour générer de l’ATP et peut produire jusqu’à 34 molécules d’ATP pour chaque molécule de glucose décomposée au cours de la respiration cellulaire. Cet ATP riche en énergie peut ensuite être utilisé par les muscles de l'écureuil pour alimenter sa fuite, fournissant ainsi l'énergie nécessaire à des mouvements rapides et à des accélérations rapides.
