Par John Brennan
Mis à jour le 30 août 2022
Chaque année, les États-Unis enregistrent plus d’un milliard de cas de rhume. Bien que le nom implique une seule maladie, il s’agit en réalité d’un ensemble de plus de 200 virus distincts partageant un site d’infection commun, généralement le nez et la gorge. Chaque virus a sa propre histoire évolutive.
Les virus détournent les cellules hôtes pour se répliquer, mais le processus de réplication est sujet aux erreurs. Ces erreurs introduisent des mutations, créant une diversité génétique au sein d’une population virale. Lorsque plusieurs souches infectent la même cellule, une recombinaison peut se produire, mélangeant davantage le matériel génétique. Les rhinovirus et les coronavirus présentent des taux de mutation élevés, permettant l'émergence rapide de nouvelles souches.
En 2009, des chercheurs de l'Institut J. Craig Venter et de l'Université du Wisconsin ont publié les génomes complets des 99 souches de rhinovirus humain. L'analyse de ces données a révélé une espèce jusqu'alors méconnue, le HRV-D, tout en montrant que le HRV-A et le HRV-C partagent une ascendance plus proche et sont étroitement liés au HRV-B. Les rhinovirus sont génétiquement les plus proches des entérovirus humains, qui infectent principalement le tractus gastro-intestinal. Les preuves actuelles suggèrent un ancêtre commun entre les rhinovirus et les entérovirus, bien que le moment exact de la divergence reste flou.
Une étude de 2008 publiée dans le Journal of Virology ont comparé les métapneumovirus humains et aviaires et ont trouvé un lien génétique fort. Les données impliquent que la souche aviaire s'est propagée chez l'homme il y a environ 200 ans, devenant le métapneumovirus humain responsable des symptômes du rhume.
La recherche sur l’évolution du coronavirus a été stimulée par l’épidémie de SRAS de 2003. Une étude de 2007 dans le Journal of Virology indique que les lignées modernes de coronavirus proviennent probablement d’un ancêtre commun infectant les chauves-souris, avant de se propager à d’autres espèces, y compris les humains. Cette voie zoonotique explique la diversité des coronavirus qui contribuent au rhume.