Cependant, tous les chercheurs ne sont pas d’accord pour dire qu’Homo floresiensis était un nain insulaire. Certains soutiennent que sa petite taille pourrait être due à d’autres facteurs, tels que la dérive génétique ou la consanguinité. De plus, certains chercheurs ont suggéré qu'Homo floresiensis n'était peut-être pas une espèce distincte d'Homo sapiens, mais plutôt une population d'humains modernes atteints d'une maladie génétique provoquant le nanisme.
La question de savoir si Homo floresiensis était un nain insulaire reste un sujet de débat parmi les scientifiques. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour déterminer la véritable nature de cet hominidé éteint.