Ce modèle était basé sur les découvertes suivantes:
* découverte de l'électron: Les propres travaux de Thomson avaient démontré l'existence de particules (électrons) chargées négativement dans les atomes.
* Neutralité de l'atome: Les atomes sont électriquement neutres, ce qui implique la présence de charges positives et négatives.
Cependant, le modèle de pudding aux prunes a connu quelques lacunes:
* manque d'un noyau défini: Cela n'a pas expliqué pourquoi les atomes étaient si stables, car la charge positive a été distribuée uniformément dans tout l'atome.
* diffusion des particules alpha: L'expérience de Rutherford a montré que certaines particules alpha étaient déviées à de grands angles, que le modèle de pudding aux prunes ne pouvait pas expliquer.
L'expérience de Rutherford a finalement réfuté le modèle de pudding de prune et a conduit au développement du modèle nucléaire de l'atome . Ce modèle a proposé un noyau dense et positivement chargé au centre de l'atome, avec des électrons en orbite autour de lui.