L'un des principaux candidats à l'origine des magnétars impliquait la présence d'un champ magnétique très puissant dans une étoile à neutrons en rotation rapide. La formation du magnétar et les champs magnétiques ont traditionnellement été attribués aux effets de la rotation différentielle de la nouvelle étoile à neutrons. Cependant, les récentes simulations magnétohydrodynamiques 3D d’étoiles à neutrons à rotation différentielle ont généralement conduit à la formation d’un dipôle magnétique, en contradiction avec la géométrie de champ observée des magnétars. Ces résultats soulignent la nécessité de revisiter les mécanismes standards de génération de champ magnétique dans ces sources et ont conduit à envisager différents scénarios de formation de magnétars.

Un champ magnétique de départ très puissant (de l'ordre de \( 10^{15} \) G) est nécessaire pour que le mécanisme d'amplification du champ magnétique par rotation différentielle fonctionne. Différentes sources d'un tel champ germe ont été proposées, par exemple des champs créés par des processus dynamo au cours de l'évolution de l'étoile progénitrice, ou des champs amplifiés lors de l'effondrement du cœur conduisant à la formation de l'étoile à neutrons. Dans les deux cas, le champ magnétique initial doit être axisymétrique et suffisamment fort pour éviter la dissipation ohmique du champ magnétique à travers les mouvements fluides turbulents qui se développent au cours de l’évolution de l’étoile à neutrons. Il a été suggéré que la convection se produisant dans les couches externes du magnétar nouveau-né pourrait contribuer au confinement et à l'amplification de ce champ.

Une possibilité intéressante est que le champ magnétique initial résulte du flux magnétique qui est adveté vers l'intérieur par le gaz en accrétion lors du repli de la supernova. L'interaction magnétohydrodynamique de cette matière infaillible avec le champ magnétique de l'étoile à neutrons pourrait expliquer plusieurs propriétés clés observées dans les magnétars. En particulier, il a été suggéré que cela pourrait donner lieu à une composante toroïdale du champ magnétique, la multipolarité du champ observée, et peut-être aussi expliquer l'origine des magnétars à très longue période.