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    Une nouvelle unité structurelle simplifie le processus de conception personnalisée des protéines

    Crédit :Unsplash/CC0 Domaine public

    Une paire de chercheurs de l'Université de Californie, San Francisco, a développé une nouvelle structure protéique qui permet de simplifier le processus de conception personnalisée des protéines. Dans leur article publié dans la revue Science , Nicholas Polizzi et William DeGrado discutent de leur unité structurelle et de la façon dont ils l'ont utilisée. Anna Paon, avec l'Université de Birmingham, a publié un article Perspective décrivant le travail de l'équipe en Californie dans le même numéro de la revue.

    L'une des tâches demandées aux chimistes est de concevoir des protéines sur mesure à utiliser dans certaines applications spéciales. Comme le notent les chercheurs, cela est considéré comme très difficile. Cela implique généralement une quantité considérable d'essais et d'erreurs, ce qui se traduit généralement par des coûts de développement élevés. Dans ce nouvel effort, les chercheurs ont conçu une nouvelle unité de structure protéique pour aider à de tels projets. Ils l'appellent une structure de van der Mer et décrivent comment elle peut être utilisée pour mapper directement la fonctionnalité du groupe chimique du ligand aux coordonnées du squelette du résidu peptidique.

    Pour concevoir la nouvelle structure, la paire de recherche a traversé et analysé des milliers de structures protéiques dans la banque de données de protéines. Leur approche différait de la norme en ce qu'ils ignoraient le positionnement des chaînes latérales pour le résidu d'acide aminé et se concentraient plutôt sur les groupes chimiques qui étaient en contact avec les résidus. En utilisant cette méthode, ils ont pu concevoir deux nouvelles protéines qui pourraient être utilisées pour identifier un médicament appelé apixaban. Notamment, leur approche consistait à faire seulement six séquences. Avant leur travail, un tel processus aurait généralement pris beaucoup plus.

    Le nom de la nouvelle structure vient de la combinaison des forces d'attraction de van der Waals avec des rotamères, les types de conformations de chaînes latérales que les acides aminés peuvent prendre. La nouvelle structure fonctionne en mappant les squelettes des acides aminés aux emplacements des produits chimiques dans la banque de données sur les protéines impliqués dans les interactions avec eux. Les chercheurs notent que ce n'est que récemment que la banque de données contient suffisamment d'informations pour permettre son utilisation dans une telle application. Et ils notent également que la technique et la structure peuvent également être utilisées pour produire des véhicules d'administration basés sur des protéines et également des applications de petites molécules.

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